方向東(中國科學院北京基因組研究所研究員)

方向東，中國科學院北京基因組研究所博士生導師，“百人計畫”研究員。

基本介紹

• 中文名：方向東
• 外文名：Xiangdong FANG
• 國籍：中華人民共和國
• 職業：“百人計畫”研究員
• 畢業院校：南方醫科大學
• 代表作品：參與編輯《細胞凋亡的基礎與臨床》參與編譯《高級分子生物學要義》

簡介

個人介紹

方向東，博士，研究員，博士研究生導師，“百人計畫”研究員。

學習經歷

1986-1992年，第一軍醫大學(現南方醫科大學)六年制臨床醫學本科生。

1992-1995年，第一軍醫大學免疫學碩士研究生，導師王小寧教授、戚正武院士。

1996-1999年，第一軍醫大學人體解剖學和組織胚胎學博士研究生，導師李進教授、戚正武院士。

工作經歷

1993-1995年，中國科學院上海生物化學研究所（現上海生命科學研究院）國家分子生物學重點實驗室訪問學者。

1995-1996年，第一軍醫大學分子免疫學研究所助教。

1997-2000年，中科院上海生物化學研究所（現上海上海生命科學研究院）訪問學者。

2000-2003年，美國華盛頓大學醫學院博士後。

2003-2007年，美國華盛頓大學醫學院講師。

2007-2009年，美國華盛頓大學醫學院助理教授。

2009年應聘為中國科學院北京基因組研究所 “百人計畫”研究員。

學術兼職

2002 Sigma Xi, the Scientific Research Society

2003 American Association for the Advancement of Science (AAAS)

2004 American Society of Gene Therapy (ASGT)

2005 The Histochemical Society (HCS)

2009 中國遺傳學會 會員

2010 Associate Editors-in-Chief，Genomics Proteomics Bioinformatics

2011 《遺傳》 編委

2012 《發育醫學》(網路版) 副主編

獲獎及榮譽

2003年 上海市科技進步三等獎(033101) 《重組基因工程藥物凝血因子VIII的研製與開發》
2000年廣東省科技進步二等獎(2000-J-2-R02-X058) 《重組蛋白質表達、復性、純化新工藝及人G-CSF新藥研製》
1998年 國家II類新藥證書((98)衛藥證字S-09) 《重組人粒細胞集落刺激因子(rhG-CSF)的研製》
1998年 中國人民解放軍科技進步三等獎(1998-3-93-3) 《IL-2/GM-CSF融合基因的構建，克隆及高效表達》
2004年 中國專利(CN 1361178) 《產生凝血因子VIII的生產方法和宿主細胞》
2002年 中國專利(CN 1334084) 《含吡咯並喹啉醌的治療鉛中毒的藥物組合物》
2001年 中國專利(CN 1324821) 《新的人促神經營養因子及其編碼序列，及製法和用途》

1998年 中國專利(CN 1169998) 《重組蛋白提取純化方法》

研究方向

幹細胞分化的表觀遺傳學機制；真核基因的表觀遺傳學調控。

以人類珠蛋白的轉基因小鼠為模型，利用Real-Time PCR和新一代高通量測序為基礎的DNase I作圖、染色質免疫沉澱(ChIP)、染色體構象捕獲(3C)等表觀遺傳學技術，研究真核細胞中非基因編碼區的順式調控元件的作用機制。發現：1) Pol II、TBP、TFIIB等重要轉錄因子與真核基因啟動子區域內的順式調控元件的結合與真核基因的轉錄調控密切相關；同時，具有不同發育時期的特異性(Duan et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2002；Fang et al. J. Biol. Chem., 2004；Li et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2004；Li et al. Nucleic. Acids Res., 2006)。2) 位於珠蛋白基因上游15-25 kb的非基因編碼區 (Locus Control Region, LCR) 內的染色質組蛋白末端修飾狀態以及染色體結構等表觀遺傳學調控機制的變化，對於真核基因的轉錄調控具有重要的作用，且具有發育時相的特異性(Fang et al. Mol. Cell Biol, 2005；Fang et al. J. Mol. Biol., 2007；Yin W et al. Blood. 2007)。3) 參加DNA組分總匯計畫(ENCODE)，以人類胚胎幹細胞及其紅系分化系統為模型，利用高通量的測序平台，研究真核基因在幹細胞分化過程中的表觀遺傳學調控機制。已經發現在人類基因組的非編碼區記憶體在著大量組織器官和發育時相特異性的調控序列，它們通過各種反式作用因子及其協同蛋白的相互作用，形成複雜、精細的網路調控系統。

主要研究領域

主要的研究方向是真核基因的表觀遺傳學調控。

研究內容包括：(1) 分析正常人和典型疾病患者的全基因組表觀遺傳學圖譜，在全基因組範圍內篩選新的順式調控元件和反式調控因子，確定它們的生物學功能和作用機制；(2) 研究真核基因在細胞發育和分化過程中的表觀遺傳學調控規律；(3) 探討染色質的組成與結構在真核基因轉錄調控中的作用機制。主要實驗技術包括染色質免疫沉澱技術(chromatin immunoprecipitation assay，ChIP )、DNase I或小球核酸酶(micrococcal nuclease，MNase)作圖、染色體構象捕獲(chromosome conformation capture，3C)、以及高通量DNA測序技術(next-generation sequencing)等。

代表論著

·王海，阮修艷，方向東*. 位點控制區(LCR)調控基因表達的研究進展. 生命科學，2010；22(1): 74-8

·Cui P, Zhang L, Lin Q, Ding F, Xin C, Fang X, Hu S, Yu J. A novel mechanism of epigenetic regulation: Nucleosome-space occupancy. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2010; 391(1): 884-9

·Fang X, Yin W, Xiang P, Han H, Stamatoyannopoulos G, Li Q. The higher structure of chromatin in the LCR of the beta-globin locus changes during development. J. Mol. Biol. 2009; 394(2): 197-208

·Fang X, Chang K-H, Bates D, Diegel M, SandstromR, Weaver M, Dorschner MO, Sabo PJ, Papayannopoulou T, Stamatoyannopoulos G, Stamatoyannopoulos J. Chromatin Profiling of the Globin Loci of Human ES Cells and ES-Derived Erythroid Cells [abstract]. Blood 2009; 114(22): 997

·Yin W，Barkess G，Fang X，Xiang P，Cao H，Stamatoyannopoulos G，Li Q. Histone acetylation at the human beta-globin locus changes with developmental age. Blood 2007; 110(12): 4101-7

·Olave IA，Doneanu C，Fang X，Stamatoyannopoulos G，Li Q. Purification and identification of proteins binding to the hereditary persistence fetal hemoglobin (HPFH)-198 mutation in the gamma-globin gene promoter. J Biol Chem. 2007; 282(2): 853-62

·Fang X，Xiang P，Yin W，Stamatoyannopoulos G and Qiliang Li. Cooperativeness of the higher chromatin structure of the beta-globin locus revealed by the deletion mutations of HS3 of the LCR. J Mol Biol. 2007; 365(1): 31-7

·Li Q，Fang X，Olave I，Han H，Yu M，Xiang P，and Stamatoyannopoulos G. Transcriptional potential of the gamma-globin gene is dependent on the CACCC box in a developmental stage-specific manner. Nucleic Acids Res. 2006; 34(14): 3909-16

·Xiang P，Fang X，Yin W，Barkess G，Li Q. Non-coding transcripts far upstream of the epsilon-globin gene are distinctly expressed in human primary tissues and erythroleukemia cell lines. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2006; 344: 623-30

·Fang X，Sun J，Xiang P，Yu M，Navas PA，Peterson KR，Stamatoyannopoulos G，Li Q. Synergistic and additive properties of the beta-globin LCR revealed by 5'HS3 deletion mutations: Implication for LCR chromatin architecture. Mol. Cell Biol. 2005; 25(16): 7033-41

·Xiang P，Han H，Barkess G，Olave I，Fang X，Yin W，Stamatoyannopoulos G，Li Q. Juxtaposition of the HPFH2 enhancer is not sufficient to reactivate the gamma-globin gene in adult erythropoiesis. Hum. Mol. Genet. 2005; 14(20): 3047-56

· Fang X，Sun J，Man Yu，Navas PA，Peterson KR，Stamatoyannopoulos G，and Li Q. The 5’ HS3 core element of the beta-globin LCR is essential for formation of an active chromatin domain in the entire beta-globin gene locus in adult erythropoiesis [abstract]. Blood Cells Mol. Dis. 2005; 34: 85-6

·Li Q，Fang X，Han H，and Stamatoyannopoulos G. The minimal promoter determines silencing of the galago gamma-globin gene in adult erythropoiesis. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004; 101(21): 8096-8101

·Fang X，Han H，Stamatoyannopoulos G，Li Q. Developmentally specific role of the CCAAT box in regulation of human gamma-globin gene expression. J. Biol. Chem. 2004; 279(7): 5444-9

·Fang X，Sun J，Barkass G，Navas PA，Peterson KR，Stamatoyannopoulos G，Li Q. The 5’ HS3 core element of the beta-globin required for formation of hyperacetylated histone domains in the LCR and delta/beta-globin gene region during adult erythropoiesis [abstract]. Blood 2003; 102(11): 516a

· Fang X，Duan Z，Han H，Rohde A，Stamatoyannopoulos G，Li Q. Mechanism of NF-Y in regulation of human gamma-globin promoter [abstract]. Blood Cells Mol. Dis. 2003; 31(1): 151-2

·Fang X，Yu M，Han H，Stamatoyannopoulos G，and Li Q. Development-specific epigenetic code alteration induced by mutations in the human gamma-globin gene promoter [abstract]. Blood Cells Mol. Dis. 2003; 31(1): 152

·Fang X，Peterson KR，Li Q，Stamatoyannopoulos G. Locus control regions [chapter]. In: Makrides SC，ed. Gene Transfer and Expression In Mammalian Cells. St. Louis: Elsevier Science B.V.; 2003. pp. 397-409

·Li Q，Peterson KR，Fang X，Stamatoyannopoulos G. Locus control regions [review]. Blood 2002; 100(9): 3077-86 (cover story)

·Duan ZJ，Fang X，Rohde A，Han H，Stamatoyannopoulos G，Li Q. Developmental specificity of recruitment of TBP to the TATA box of the human gamma-globin gene. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002; 99(8): 5509-14 (joint first authors)

·Fang X，Duan Z，Stamatoyannopoulos G，Li Q. Transfactor NF-Y facilitate in vivo TBP recruitment on the human gamma-globin promoter [abstract]. Blood 2001; 98(11): 496-497a

· Chen C，Wang Q，Fang X，Xu Q，Chi C，Gu J. Roles of phytanoyl-CoA alpha-hydroxylase in mediating the expression of human coagulation factor VIII. J. Biol. Chem. 2001; 276(49): 46340-6

·Fang X，Chen C，Wang Q，Gu J，Chi C.The interaction of the calcium- and integrin-binding protein (CIBP) with the coagulation factor VIII. Thromb. Res. 2001; 102(2): 177-85

·Chen C，Fang XD，Zhu J，Wu XF，Zhang ZC，Gu JX，Wang ZY，Chi CW. The gene expression of coagulation factor VIII in mammalian cell lines. Thromb. Res. 1999; 95(2): 105-15

·方向東，高基民，林來興妹，馬驪，王小寧. 人G-CSF新型高效表達克隆的構建與鑑定. 中國免疫學雜誌，1998; 14(5): 375-377

·方向東，馬驪，高基民，黃樹其，王小寧. 人G-CSF基因重組及在大腸桿菌中的表達和鑑定. 中國生化藥物雜誌，1998; 19(1): 1-5

·方向東，林來興妹，高基民，黃樹其，馬驪，周峻岭，王小寧. hG-CSF大腸桿菌表達產物的純化與鑑定. 中國生物製品學雜誌，1997; 10(1): 1-4

·方向東，高基民，馬驪，周峻岭，黃樹其，刁志宏，陳澤洪，王小寧. 雙誘導模式原核表達系統的建立與套用.第一軍醫大學學報，1997; 17(4): 253-257

·方向東，黃樹其，周峻岭，馬驪，刁志宏，陳澤洪，周明乾，王小寧. 人G-CSF重組表達系統穩定性的實驗研究.第一軍醫大學學報，1997; 17(4): 314-316

·方向東，陳淳，謝志偉，耿解萍，王小寧，戚正武. 牛鹼性成纖維細胞生長因子在酵母系統中表達. 生物工程學報，1996; 12(增刊): 261-265

·方向東，劉宏，周峻岭，黃樹其，陳淳，謝志偉，戚正武，王小寧. 牛鹼性成纖維細胞生長因子在酵母中表達產物的純化與鑑定. 第一軍醫大學學報，1996; 16(3): 198-201

·方向東，黃樹其，陳淳，耿解萍，謝志偉，王小寧，戚正武. 牛鹼性成纖維細胞生長因子cDNA的克隆及其酵母重組表達質粒的構建. 第一軍醫大學學報，1996; 16(2): 78-81

·方向東，劉宏，王小寧. 新型受體藥物CTLA4-Ig的套用. 生命的化學，1996; 16(4): 40-41

·方向東，陳淳，諸江. 用於擴增較大DNA片段的PCR方法. 生命的化學，1995; 15(2): 37-38

·方向東，陳淳，戚正武. 血管性假血友病的研究進展. 實用醫學雜誌，1995; 11(6): 406-408

·方向東，黃洪蓮，曹鈞，黃建生，張明軍，黃春媚，王小寧. 以菌體作載體製備傷寒桿菌脂多糖抗血清. 細胞和分子免疫學雜誌(單克隆抗體通訊)，1994; 10(1): 61-62

·方向東，王小寧，高基民. 甲型血友病診斷和治療進展. 自然雜誌，1993; 16(9-10): 23-24，5

參編著作:

l　方向東，王琪.染色質.見:陳淳、徐沁譯.高級分子生物學要義; 1版.原著:Twyman RM;北京:科學出版社，2000; 33-41

l　方向東，郭志兵，刁志宏.細胞凋亡與免疫系統疾病.見:姜泊主編.細胞凋亡的基礎與臨床; 1版.北京:人民軍醫出版社，1999; 206-223

承擔科研項目

1、中科院幹細胞與再生醫學戰略性先導科技專項重點項目子課題“利用高通量組學平台和系統生物學分析技術篩選腫瘤幹細胞的特異性標記物和治療靶點”；

2、國家重大科學儀器設備開發專項分課題“高通量細胞分選多模式檢測儀器在血液幹細胞分化研究中的套用”；
3、國家“十二五”科技支撐計畫分課題“幹細胞用於血液系統惡性疾病診斷和治療的研究”；
4、國家“十二五”863計畫分課題“腫瘤的個體化RNA干擾治療”；
5、國家外專局高端外國專家項目、國家自然科學基金、教育部回國人員科研啟動基金、中科院/諾和諾德專項研究合作項目等。

項目組情況

利用建立在新一代測序平台的轉錄組、全外顯子組、甲基化DNA作圖、DNase I作圖、ChIP、3C等高通量組學技術，以人類幹細胞和各種血液病、惡性腫瘤為主要研究對象，在DNA、RNA、蛋白質、以及染色質等不同調控層次上篩選與細胞發育和分化、以及腫瘤發生和轉移等重要生物學事件相關的分子標記、重要信號轉導通路、關鍵調控單元和調控網路，並探討其分子機制和生物學功能，建立針對重要疾病發病機制與靶向干預的分子基礎與技術指標，為臨床制定更加高效、特異的分子干預策略、並開展其規範化研究提供理論基礎和實驗依據。