顏萬進先後擔任過“國策中心”研究員、
林濁水“國會”辦公室主任、民進黨“中國事務部”主任、政策會副執行長。2000年
民進黨執政後，任海基會副秘書長。2005年
蘇貞昌擔任黨主席時，曾任民進黨副秘書長、“內政部”政務次長等職。
2000年台灣地區領導人選舉，顏萬進曾參與撰寫
陳水扁兩岸政策白皮書，並擔任陳水扁"總統"競選總部戰情部主任，參與各項決策。
陳水扁當選以後，於其民進黨“中國事務部”主任任內開始出版《中國事務》季刊。
所屬派系
在派繫上，一般認為顏萬進屬於新潮流系，並曾擔任該派系領導集體“政協”的一員。
涉入弊案
2006年7月19日，顏萬進因涉台北市
北投區空中纜車新建工程弊案，遭檢方依貪瀆罪嫌聲押；20日下午，法院裁定顏萬進羈押禁見；當天，顏萬進主動請辭獲準。
著作
著有《在野時期民進黨大陸政策》（台北：新文京，2003 年4月20 日）等書。
