由於免疫系統被嚴重破壞，各種致命性機會感染、腫瘤等極易發生。病變可表面在肺、口腔、消化系統、神經系統、內分泌系統、心臟、腎臟、眼、關節、皮膚等等。已發生機會性感染者，平均存活期為9個月。 \n肺部病變 約半數的愛滋病患者是以肺部症狀為初期表現的。最常見的是卡氏肺囊蟲肺炎。患者表現為持續性咳嗽等。此外，還會發生巨細胞病毒性肺炎、結核桿菌肺炎、細菌性肺炎、肺卡波氏肉瘤等等。
病人由潛伏期進入 愛滋病 病變期。由於T4淋巴細胞的大量耗失,巨噬細胞和自然殺傷細胞〈NK細胞)功能下降,致成嚴重的細胞性免疫缺陷,而導致愛滋病的形成。愛滋病的各種症狀都是逐漸發生,慢慢發展,日趨嚴重,如日漸消瘦,疲憊乏力;接著發生各種機會性感染和惡性腫瘤,或者中樞神經系統感染。患者常於半年至1年死亡,常死於肺抱子蟲 肺炎 (病死率為43.8%)、卡波西肉瘤(21.4%)或中樞神經系統感染。愛滋病病毒與機體免疫力之間的關係相當複雜。實際上;愛滋病病毒不僅進入T4淋巴細胞,也進入血流中的其它有CD4受體的細胞,如單核細胞也進入人體的各種臟器,包括腦、胃腸道、肝、腎及其它器官。這些器官中都有相當多的巨噬細胞,它們也是愛滋病病毒導向的靶細胞。目前,除了腦部感染已經證明與愛滋病病毒有關外,其它臟器表現的症狀和體徵是否也與愛滋病病毒有關,尚缺乏直接證明。
