岩礦硒是環境中硒的最初主要來源。岩礦硒的地域分異主要決定於岩石的成因類型。硒與硫的性質頗為相似，最容易進入硫化物的結晶架格，只有硫的濃度明顯下降的場合下，才形成硒的獨立礦物。目前已知有40多種硒的獨立礦物，主要的如硒銀礦、硒銅礦、硒鉛礦等。
硒在地殼中的平均含量為0.05mg/kg（維諾格拉多夫，1962；泰勒，1964)。在各岩類中，火成岩中硒的含量接近於地殼含量，而沉積岩中的頁岩及碳質和粘土質沉積物的硒含量較高。我國岩石中硒平均含量為0.073mg/kg（譚見安，1996）。同樣，硒在岩石中的分異是不均勻的，特別是在沉積岩或沉積物中差異較大。這與它們的岩性和組成有關，一般含碳質高的細粒岩石或沉積物含硒高，如湖北恩施硒中毒區的碳質頁岩含硒量可達280mg/kg，而分布在我國低硒帶的紫色砂岩和黃土層，其含硒量多在0.05mg/kg左右。可見岩石中硒的地域分異與岩類有密切的關係。內生作用對於岩石中硒，特別是岩漿岩中硒的分布有主要作用。在岩漿的主要結晶過程中，硒未發生富集，所以造岩礦物的含硒一般接近於克拉克值或者更低。硒的富集發生在岩漿硫化物與矽酸岩漿發生分離的過程中，硒與硫同時進入到硫化物熔離體中，成為岩漿硫化物的雜質元素。因而硫化物的硒含量比克拉克值要高得多，可達數十倍至數乾倍。它在有關礦物中，是以類質同象進入硫化物晶格的。岩漿期後熱水溶液活動、氣成熱液作用、火山和噴氣活動等都對硒的富集產生不同性質和不同程度的影響。
