山東省淡水漁業研究院創建於1956年，隸屬於山東省海洋與漁業廳，是山東省唯一的省級淡水水產科研機構，機構規格正處級，全額撥款事業單位。
山東省淡水漁業研究院原地址在濟南市槐蔭區段店鎮位里莊3號，2010年11月遷入濟南市歷下區解放路162號省廳原辦公大樓，原院址改為研究基地。
編制140人，現有在職職工123人，科技人員85人，其中研究員11人，副研究員及高級工程師16人，5人享受政府特殊津貼，3人被授予“山東省有突出貢獻的中青年專家”稱號，現有專業技術二級崗3個、三級崗5個、四級崗7個，五級崗5個、六級崗6個、七級崗7個。
主要承擔淡水水生生物育種、增養殖、疫病防控技術，淡水水生動物營養與飼料，濕地、鹽鹼地漁業生態利用，生態環境監測與保護等方面的研究工作；淡水漁業水域生態環境監測和評價工作；淡水水產品質量檢驗等工作。
現設四個行政科室：辦公室、財務科、科研科、信息中心。兩個管理科室：物業管理中心、保衛科。七個研究科室：生態漁業研究室、資源環境研究室、營養加工研究室、遺傳育種研究室、養殖工程研究室、山東省淡水水產品質量檢驗中心、疫病防控研究室。
