《基因調控網路重構與分析的研究》是依託吉林大學,由劉桂霞擔任項目負責人的面上項目。
基本介紹
- 中文名:基因調控網路重構與分析的研究
- 項目類別:面上項目
- 項目負責人:劉桂霞
- 依託單位:吉林大學
- 負責人職稱:教授
- 申請代碼:F0210
- 研究期限:2008-01-01 至 2008-12-31
- 批准號:60773095
- 支持經費:8(萬元)
《基因調控網路重構與分析的研究》是依託吉林大學,由劉桂霞擔任項目負責人的面上項目。
《基因調控網路重構與分析的研究》是依託吉林大學,由劉桂霞擔任項目負責人的面上項目。項目摘要本項目基於計算智慧型方法從系統的角度構建動態基因調控網路模型,更加真實地模擬基因調控過程,體現基因調控網路的動態特徵和時序特徵,克服...
《基因調控網路構建及其拓撲結構分析的研究》是依託吉林大學,由劉桂霞擔任項目負責人的面上項目。項目摘要 分子生物學的深入研究揭示了複雜生命現象是基因相互調控的結果,但至今尚未完全清楚基因調控的機制,為理解生物系統的內在模式和調控...
《基於多種生物學數據整合的基因調控網路重構研究》是依託上海交通大學,由劉琪擔任項目負責人的青年科學基金項目。 項目摘要 揭示基因選擇性表達所依賴的調控信息及其相互作用的分子機制,一直是生命科學研究領域的熱點,具有重要的生物學意義...
《基於低維子空間隨機搜尋的基因調控網路重構與預測》是依託陝西師範大學,由金濤擔任項目負責人的專項基金項目。項目摘要 系統生物學是一個新興的多學科交叉的研究領域,主要是利用大量累積的分子生物實驗數據為生命系統構建可靠有效的理論...
本項研究以複雜疾病的基因表達數據分析為基礎,針對複雜疾病的基因調控網路構建及調控機制等科學問題開展相關研究:針對基因表達數據缺失的問題,給出一種基於稀疏表達的數據重建方法;為了有效解決數據相當缺乏的問題,利用小波分析的多尺度特性...
《金柑類黃酮糖基轉移酶基因功能分析及其調控網路構建》是依託西南大學,由劉小剛擔任項目負責人的青年科學基金項目。項目摘要 金柑是集藥食兩用和觀賞於一身的我國特色資源植物,其果實中含有豐富的非花青苷類黃酮,是研究類黃酮合成調控的...
完成了水稻基因組水平多基因效應對水稻開花過程的相互作用挖掘;植物生長過程中非編碼表達譜數據的收集及分析鑑定;植物非編碼RNA層次的基因調控網路的研究。並構建了水稻多層次基因調控網路資料庫RiceNetDB,實現多層次調控網路的3D可視化。受...
《基於Memetic多目標時變最佳化的全基因代謝網路重構算法研究》是依託哈爾濱工業大學,由周家銳擔任項目負責人的青年科學基金項目。項目摘要 全基因代謝網路重構是代謝組學與系統生物學的重要研究基礎。現有算法僅包含單一重構目標,無法反映生物...
《用系統生物學方法對肺癌發生基因調控網路的研究》是依託香港大學深圳研究院,由王俊文擔任項目負責人的重大研究計畫。項目摘要 肺癌是中國及全世界發病及致死率最高的癌症之一。目前中國每年新增肺癌病例有近60萬,患者的五年生存率很低,...
《人類轉錄因子基因家族調控網路進化模式研究》是依託浙江大學,由周展擔任項目負責人的青年科學基金項目。項目摘要 基因表達調控的進化是生物物種進化的重要驅動力,ENCODE計畫和高通量測序技術的不斷發展,使得轉錄因子調控網路的重建成為分子...
基於大量的分子證據,人們已經在擬南芥中建立了比較深入的花器官特徵基因調控網路 (FOS-GRN),而關於水稻FOS-GRN的研究還比較少見。本項目中,我們利用各種單/雙/多突變體及異位表達植株,通過精細的表型和表達模式比較分析、基因互補分析...
生物網路作為一種複雜網路是近幾年信息科學的研究熱點之一,本項目針對功能基因網路重構及其模組識別問題,發展對分子互作數據依賴性低的重構方法,並研究適合於該網路的交疊模組識別方法。首先,提出一種充分考慮基因本體(GO)結構信息的...
並將獲得的細胞特異性miRNA轉錄起始位點構建成資料庫;2)對比不同細胞系中miRNA轉錄起始位點及可變啟動子,研究其表現特徵和規律;3)構建、分析、比較不同細胞系的基因調控網路,揭示miRNA可變轉錄的上游調控機制和下游作用機理。
microRNA(miRNA)在基因表達調控網路中的作用是近年來分子生物學和遺傳學研究的熱點問題。本研究從系統演化生物學的角度,以模式生物果蠅和人為研究對象,分析轉錄組的共表達網路,探討microRNA(miRNA)在共表達(gene co-expression)基因精細...
確定矮稈候選基因;通過遺傳轉化,驗證候選基因功能;使用qRT-PCR、Western雜交,研究目的基因的表達模式;基於突變體輔助基因定位及表征分析MAGIC,發掘矮稈基因的抑制因子;綜合轉錄組測序、基因晶片、MAGIC的結果,解析矮稈基因的調控網路。
經過課題組四年的科研攻關,項目所有擬定的科研任務都已圓滿完成,研究取得了預期成果:A.在理論方面,提出了多種基因調控關係推導模型獲得了更好的基因網路重構性能,其中,我們發現網路稀疏性以及多數據集成分析在基因網路重構和腫瘤建模研...
分析基因島(群)的結構、功能及其連鎖變異與毒力衍化的關係;建立豬鏈球菌毒力蛋白資料庫,利用酵母雙雜交篩選技術和細菌轉錄組分析技術,研究基因島(群)主要毒力基因協同關係及毒力蛋白互作網路;敲除主要毒力蛋白基因及毒力調控基因...
《REP1基因調控水稻內稃細胞分裂分化分子調控網路的研究》是依託上海交通大學,由袁政擔任項目負責人的面上項目。項目摘要 水稻花發育不僅具有形態結構特異性,其後續形態建成還直接影響到物種的後代繁殖和產量,對其發育調控機理的研究具有...
轉錄組分析等構建了活性氧參與荔枝成花的基因調控網路。通過本項目的研究,明晰了ROS和脅迫誘導荔枝開花的基因調控網路,為探索脅迫調控常綠果樹開花的分子機理積累基礎資料,也為應對全球氣候變暖、培育適應氣候變化的荔枝新品種奠定了基礎。
隨著深度測序技術,特別是RNA深度測序技術的飛速發展,利用基因表達譜來推斷和重構生物調控網路的方法層出不窮。然而,由於不同測序樣本之間的關係並不明確,研究者很難依賴普通表達譜數據精確推斷基因調控網路。近年來,隨著RNAi技術和缺失...
本項目繼續克隆株型發育調控途徑中的新基因,構建株型發育遺傳調控網路。通過進一步分析PAY1調控水稻株型和產量的機理和LABA1控制芒長及芒刺的發育機理。發現PAY1基因調控生長素的合成以及極性運輸能力,進而改變了體內生長素的極性分布,改良...
項目的理論成果也對其它類型的複雜網路(如腦功能網路、基因調控網路、金融借貸網路等)重構研究具有學術價值。結題摘要 網路作為現實世界最普適的數據表現形式,在諸多領域得到了大量的套用,也產生大量的科學問題亟需深入研究。本項目以社交...
但由於癌細胞中調控網路的複雜性,直接分析miRNA靶基因在差異表達基因中的富集度通常得不到統計顯著的侯選miRNA。通過本項目,研究了多種oncomiR調控網路的推斷方法,並對計算預測的結果進行了分子生物學實驗驗證。發展了基於主要差異基因表達...
《大豆的全基因組規模代謝網路重構》是依託吉林大學,由時小虎擔任項目負責人的面上項目。項目摘要 本項目擬採用功能注釋和模板同源映射等方法構建大豆的全基因組規模代謝網路,基於複雜網路理論對代謝網路的動力學性質進行分析,並利用所構建...