《國家對外國投資者併購境內企業所涉及的有關稅收問題的規定》由於外國投資者以其併購境內企業的資產來設立外商投資企業和一般的新設外商投資企業無本質上的區別，因此在稅收待遇方面，以資產併購方式設立的外商投資企業與其他的新設外商投資企業無差別。
而股權併購則不同，其在法律後果上是將宜家內子企業變更為宜家外商投資企業。與新設外商投資企業不同，此類企業在由內資企業轉變為外商投資企業過程中，必然產生如何起算“經營期限”和“獲利年度”、如何對待“前期虧損處理”等問題。為此，國家稅務總局於日前發布了《關於外國投資者併購境內企業股權有關稅收問題的通知》，通知規定：
（一）國投資者按照《併購規定》併購境內企業股東股權，或認購境內企業增資，使境內企業變更設立為外商投資企業的，如外國投資者在該企業中的股權比例超過25%，該企業可依照外商投資企業所適用的稅收法律、法規交納各項稅收。
（二）外國投資者通過股權併購變更設立的外商投資企業，如符合《中華人民共和國外商投資企業和外國企業所得稅法》（以下簡稱稅法）及其實施細則等有關規定條件的可享受稅法及其有關規定所制定的各項企業所得稅稅收優惠政策。在計算享受企業所得稅優惠政策時，有關銜接問題按以下規定執行：
1.經營期開始及經營期。國家工商行政管理部門批准頒發變更營業執照之日，為變更設立的外商投資企業經營期開始，至工商變更登記確定的經營年限終止日，為變更設立的外商投資企業的經營期。
2.前期虧損處理。變更設立前企業累計發生的尚未彌補的經營虧損，可在稅法第十一條規定的虧損彌補年限的剩餘年限內，由變更設立的外商投資企業延續彌補。
3.獲利年度的確定。變更設立的外商投資企業變更當年度取得經營利潤，扣除以前年度允許彌補的虧損後仍有利潤的，為其獲利年度。獲利年度當年實際生產經營期不足6各月的，可以按照稅法實施細則第七十七條的規定，由企業選擇確定減免稅期的起始年度。
