根據工作職責,中共中央台灣工作辦公室、國務院台灣事務辦公室設11個職能局和機關黨委,分別是:秘書局、綜合局、研究局、新聞局、經濟局、港澳涉台事務局、交流局、聯絡局、法規局、投訴協調局、政黨局,機關黨委(人事局)。 秘書局負責協調機關日常工作;承辦文電、秘書、會議、通信、信息工作;負責檔案、報刊、圖書資料工作;編輯刊物;負責機關財務、房產、基本建設、物資設備、環境秩序管理及後勤服務的規劃、協調與監督,承辦重要活動會務、接待工作,負責赴台審批辦理工作,聯繫各地各部門涉台機構。
秘書局負責協調機關日常工作;承辦文電、秘書、會議、通信、信息工作;負責檔案、報刊、圖書資料工作;編輯刊物;負責機關財務、房產、基本建設、物資設備、環境秩序管理及後勤服務的規劃、協調與監督,承辦重要活動會務、接待工作,負責赴台審批辦理工作,聯繫各地各部門涉台機構。