台灣大學獸醫專業學院歷史可以追溯到台北帝國大學理農學部下設的畜產學講座。台北帝國大學於1943年時將畜產學講座改為獸醫學科，其下增設為：畜產學I（教授微生物與基礎課程）、畜產學II（教授有關畜牧學科）、家畜解剖學、家畜病理學及家畜衛生學等（教授有關獸醫學科）共五個講座。到了1945年才有7位第一屆畢業生（皆為日本籍）。
1945年，台灣光復回歸祖國懷抱，11月15日更名為國立台灣大學農學院畜牧獸醫學系。1946年畜牧獸醫學系首次招生，為我國籍首批學生。因此直至1950年才有中國籍的畜牧獸醫學系第一屆畢業生。
1952年農復會（後改為農發會，即目前“農委會”前身）美籍顧問前美國科羅拉多州農工大學獸醫學院院長暨大學校長鈕森博士（I.E. Newsom）ㄞ建議農復會在台大農學院設立家畜醫院，故進行附設家畜醫院興建工程計畫，1955年5月16日一期工程完工，家畜醫院落成啟用； 1956年二期工程完工，為二層樓建築，為紀念鈕森博士對該系的貢獻，因而命名為鈕森館。1956年8月獸醫組師生遷入鈕森館研究與上課。1955年8月，畜牧獸醫系分為畜牧及獸醫兩組招生，.獸醫組修業期間仍為四年，畢業時授予農學士學位，該系由此進入一個新局面。1957年聘美國加州大學Davis獸醫學院副教授James R. Douglas來該系擔任客座教授，講授病理學，並辦理全國獸醫人員家畜寄生蟲研討會。
1959年8月畜牧獸醫學系獸醫組改制為獸醫學系，修業期限改為五年，畢業時授予獸醫學士學位，此為該系另一個新的里程碑。
到了50年代初期，該系在穩定中求進步，制度上少有改變，人事上有些許更迭，逐漸聘入該系系友從事教職工作。1968年8月增設研究所碩士班，修業年限為2-4年，畢業時授予獸醫學碩士學位，這是一個劃時代的開始。設立碩士班後，該所畢業生紛紛投入全國中、高等獸醫教育體系中，貢獻所長，該所的成立對於台灣獸醫教育體系的師資培育有其不可抹滅的重要性。
1971年農學院開辦在職進修制度，提供全島畜牧獸醫同業進修機會，對於產業界新技術的吸收及提升有顯著貢獻。1972年12月9日繫上教授在沒有其他外援下，獨力創立國際人畜共同疾病研究所，並於1974年國際人畜共同疾病研究所開始出版國際學術期刊。
1977年進一步設立博士班，修業年限為2-6年，畢業後授予獸醫學博士學位，完整的獸醫教育體系與焉成立。
同年，由農發會資助興建的大動物館完工。另因教研所需，向校方爭取興建實驗動物館，獲得同意並興建完工，該館坐落在大動物館旁，為兩層樓房建築。一樓為經濟動物實驗區，二樓為齧齒動物及家禽實驗區，並設立數間研究室及實驗室供研究生使用。7月17日該系榮獲台灣當局“教育部”「大學農學院評鑑」，有關教學、研究、圖書、設備、畢業生就業、教師研究成果等六項，評鑑結果均優，為當時全台農學院中首屈一指的系所。
1984年該系教師僅有12名， 而大學部學生約200人，研究生30人，師生比例為1：19，每位教師必須負責三至四門獸醫專業課程，在師資極度不足的情況下，教研品質皆無法提升。有鑒於此，教育部於1987年8月以專案撥款委託台灣大學農學院成立「獸醫教育改革計畫」專案研究小組，經多次研議，於1988年10月向教育部提出「獸醫教育改進計畫書」，1989年5月再由當時教育部長親自主持「研討獸醫教育計畫修正會議」，正式確定我國獸醫教育之改進方向。會中決議分段進行下列各項工作，包括：增班招生、增聘師資、先擴大學系後並設十門學科，後增為十五門學科、新建動物醫學教學醫院、加強臨床獸醫學之教學及研究、培訓動物種別的專業獸醫師、成立獸醫學院。該計畫由1987年推行以來，先後完成：（一）增班招生：於80年度起增加招生一班，成為雙班招生。（二）增聘師資：由80學年度起，每年應可增聘四位師資，但校方規定每年扣留一位，因而僅增聘三位。（三）新建動物醫學教學醫院：於1995年5月完工，提供該系及擬增設的臨床獸醫學研究所作為主要的教學、實習及研究場所。該系從80學年度增班招生，師資人數也逐年補增，現在有專任教師33名，兼任教師18名，這使得該系的研究發展及教學，在各層面上均較數年前已有大幅度提升。此外，更添購教學設備，其長期發展的目標在於成立獸醫學院。農委會有鑒於該系有成立獸醫學院之計畫，連續五年編列貴重儀器設備費以支持該計畫之推動，於1994年9月21日該系穿透式及掃描式電子顯微鏡始得以安裝完成，並陸續添購多項先進的研究教學儀器。
由於獸醫公共衛生學的漸趨重要，1993年於獸醫學研究所增設獸醫公共衛生學組。1995年4月28日香港學術評審局來訪並針對該系進行認證。1998年1月20-21日香港獸醫管理局委託香港學歷評審局組成7人評審委員會蒞臨該系對學生之學歷進行評審，同年5月22日居住香港的系友轉告，香港學歷評審局向香港獸醫管理局提出的國際評鑑報告，認為該系的基礎課程、臨床訓練、學生、教師素質、設備等均已達國際水準，該系畢業生可無條件在香港逕行註冊為執業獸醫師。
2003年開始興建「動物疾病與畜產品衛生檢測技術開發中心」之動物實驗大樓（今獸醫二館）及行政與研究大樓（今獸醫三館）。至此，該系教研環境由獸醫一館、二館、三館所組成。為了促進對人畜共通傳染病的監測、診斷與預防的研究、推廣及教育訓練，2006年成立「人畜共通傳染病研究中心」。同年獸醫學系開始接受大學甄試（個人申請）入學方式，2007年接受大學入學推薦甄試（高中學校推薦）；而「人畜共通傳染病實驗室」於此年11月16日正式揭牌啟用。有鑒於社會對於高素質臨床獸醫需求的增加以及培育未來臨床教學人才，同年成立「臨床動物醫學研究所」並招生，分成大動物及野生動物組以及伴侶動物組，臨床動物醫學研究所並與動物醫院合作，也招收全職小動物內外科住院醫師，接受為期三年的專科住院訓練。2008年8月1日獸醫專業學院正式成立，在亞洲及中國大陸等鄰近國家近年來均已紛紛改制成獸醫學院以因應時代需要的同時，獸醫專業學院亦奮起直追，並期許未來在國際獸醫科學社群中能貢獻一己之力。
