南京農業大學區域農業研究所依託國家重點學科（作物栽培學與耕作學）、農業部重點實驗室（作物生長調控實驗室）和農村區域發展專業，以農村區域協調發展的關鍵技術與技術集成、發展模式、發展戰略與規劃設計研究為主要任務，面向農村和農業、面向農民和農業企業、面向農業管理部門，以教學、科研、推廣套用三結合為特色的研究性機構。研究所成立於1996年，現任所長卞新民教授。
研究所緊緊抓住“三農”（農業、農民、農村）這一農村社會經濟發展的根本問題，以發展現代農業生產、保障區域生態安全、促進農民健康生活、培育農村社區文明、實現城鄉和諧發展為目標，圍繞現代實用技術集成創新和組織管理模式集成創新，開展各種相關理論研究和實踐研究。主要研究領域有：種植業生產關鍵技術研發與集成，區域農業發展戰略與產業規劃，農業開發項目和園區規劃設計，農村生態環境保護與綜合整治規劃，農村發展政策與法規體系，區域生態經濟社會系統整體規劃等等。
主要標誌性研究成果有：《長江三角洲發達農區高效外向型種植模式研製與套用》獲教育部科技進步二等獎，《沿江、蘇南地區多元高效種植模式研究與套用》獲江蘇省科技進步二等獎，《長江流域稻麥高產區多元多熟及稻麥兩熟高產高效種植新技術》獲農業部科技進步三等獎，《現代農業開發園區（項目）的策劃、規劃與實施推廣》獲教育部科技進步三等獎，《江蘇省循環型農業規劃》，《江蘇省農村環境綜合整治規劃》，江蘇省部分實用農業生產技術標準制定，農業產業關聯的生態經濟分析模型與技術，種植業和農業生產結構和空間布局分析與最佳化模型技術，江蘇省部分縣市生態示範區規劃、生態縣（市）建設規劃，不同層次農業產業發展規劃、各種農業開發項目（園區）規劃設計等等。
研究所研究教學實力較強，現有主幹專業研究教學人員10多名，其中有教授、研究員6名、副教授、副研究員5名，博士生導師5名、碩士生導師4名。現有在讀博士研究生20多名、碩士研究生40多名，每年可接受本科實習生10多名。除依託國家重點學科和農業部重點實驗室的強大科研設備設施條件以外，研究所有分析化驗室1個、規劃設計與計算機實驗室1個、多通道生態環境綜合自動測量系統、GPS系統和地理信息系統多套，各種圖書資料千餘冊。
近年來承擔國家攻關、863、國家自然科學基金、國家教委、農業部、江蘇省、上海市、中國菸草公司、雲南菸草公司省、市等各級科研項目50多個，總科研經費800多萬元。研究所成立以來，主要研究人員先後獲得國家、部省級成果獎8個，其中部省級2等獎3個、三等獎3個，發表研究論文100多篇，主編和參編各種教材和專著8部。
