南京林業大學水運工程研究所是南京林業大學下屬研究機構。
南京林業大學水運工程研究所掛靠南京林業大學土木工程學院，由林業部於六十年代投資建成。曾擁有水利廳、水工大廳、室內模型試驗場、室外模型試驗場、流體力學試驗室、流量為1m/的水泵房以及全國唯一的大型循環水流動深淺水拖曳船池。先後為林業、軍工、水利、港建、漁業和造船等領域承擔過大量的科研課題，獲得過1993林業部科技進步叄等獎一項，其中國家重點工程二灘水電站三項木材過壩試驗研究項目科研經費達三百多萬元。
南京林業大學水運工程研究所曾為本、專科生開設水力、水工和其它方面的專業基礎課和專業課實驗，為研究生提供學位論文試驗，培養了大量水工、水運、森林工程和土木工程專業技術人才。在國際上，同美國、德國、加拿大、俄羅斯、芬蘭、匈牙利、保加利亞等國的同行專家有著良好的合作關係。多次邀請外國專家來訪，同時經常派員出國訪問和出席國際會議。在科學研究的基礎上，先後在國內外學術刊物和學術研討會上，發表論文百餘篇，出版論著多部。
南京林業大學水運工程研究所現擁有拖曳水池，船、槳模型加工間，繪圖室，儀器室和室內模型實驗場地，總面積達800m。在南京六合金牛山水庫有1000 m的室外試驗基地。
南京林業大學水運工程研究所主要研究方向為：1、淺、深水船舶性能模型和原型的試驗研究；2、水工建築物模型試驗研究；3、木排運輸、水上貯木、木材過壩等試驗研究；4、港口海洋工程模型試驗研究；5、網具性能等模型試驗研究；6、流速儀標定等。
