市應急辦是(設應急指揮處、預案管理處、綜合信息處、宣教動員處、技術通信處)市應急委的常設辦事機構，掛北京市人民政府總值班室和北京市應急指揮中心的牌子。
應急指揮處(與值班室合署辦公)負責指導、監督、檢查市政府系統和應急管理系統的值守應急工作；協助市應急委領導同志指揮處置突發事件；負責協調、指導市級應急搶險救援隊伍、資金、物資和避難場所的建設和管理工作；承辦應急管理相關會議、活動。
預案管理處 負責組織修訂、審核市級應急預案，並指導檢查各部門、各區縣應急預案管理工作；負責督促檢查應急演練工作；負責協調、指導本市應急管理體制建設工作；組織開展本市突發事件的風險評估和隱患排查工作。
綜合信息處 負責突發事件信息報送的管理工作；收集匯總城市運行和應急管理信息，發布突發事件預警信息；承辦市政府系統和應急管理系統相關文電工作；聯繫市應急委專家顧問組。
宣教動員處 負責突發事件應對和應急管理的宣傳、教育、培訓和社會動員工作；會同有關部門管理和協調突發事件的新聞報導工作；組織應急管理的國內外交流與合作。
技術通信處 負責制定應急管理技術系統建設規範，組織協調技術系統建設和管理；負責本市城市運行和應急指揮平台的管理和維護；指導監督各區縣、各專項應急指揮部和相關部門應急指揮平台的建設和管理工作。
