北京大學學科建設辦公室是在原985/211工程辦公室的基礎上設立獨立建制的職能部門，在學校學科建設委員會的領導下，負責全校學科規劃和建設，負責“統籌支持一流大學與一流學科建設”和“高等學校基本科研業務費”等學科建設經費的日常管理工作。
部門職責,內設機構,掛靠單位,
部門職責
1. 為各學部履行職責提供行政支撐與服務，依託各學部開展學科建設與規劃工作；組織編制綜合和專項學科規劃和建設方案，監督檢查學科規劃和建設方案的實施進展。
2. 調研國內外學科發展和學科建設的動態，為學校學科發展提出政策建議。
3. 負責管理“統籌支持一流大學和一流學科建設”經費，“中央高校基本科研業務費”等學科建設經費。
4. 協助學科建設委員會組織校級學術實體單位的申報、論證和成立等工作，組織和協調校內公共平台和交叉學科的規劃和建設。
5. 制定學科建設經費使用和管理的相關規章制度。
6. 指導和協助院系制定學科規劃和年度建設方案，指導和協助院系推進學科建設項目。
7. 協助項目建設單位接受上級和校內有關部門對學科建設項目審計和檢查工作。
8. 負責學科建設信息化工作。
9. 負責對院系、學科建設重點項目和平台進行投資效益評估；聯合相關部門開展院系（新體制科研機構）國際評估。
10. 承擔校學科建設委員會及其下屬分會的秘書處的相關工作。
11. 完成上級主管部門和學校領導交辦的其它工作。
內設機構
學科建設辦公室內設機構3個：
1. 綜合辦公室：負責辦公室綜合行政事務：人事、財務管理工作；收發文、OA管理；印章的管理使用和檔案整理工作；對外、對內的接待和辦公環境的整治及安全保衛工作；信息管理系統維護與管理；負責督查督辦、巡視整改、提案交辦工作；負責院系國際評議工作。
牽頭協調：“雙一流”建設方案編制等重要方案、政策性文檔編制；北京大學學科建設年報編印；工作總結、工作計畫、北京大學年鑑編制；各種類型會議組織；教學科研單位發展績效評估；校領導各類講話、文稿起草；國內共建工作。
2. 項目管理辦公室：負責基本科研業務費申報、預算、撥款、執行等全過程管理；引導專項申報、預算、撥款、執行等全過程管理；“雙一流”建設年度進展報告和總結驗收工作；校內公共平台建設需求跟蹤管理。
3. 學科規劃辦公室（研究室）：根據學校學科發展戰略布局，負責研究制定校級層面有關專項學科規劃工作；負責實體研究機構的設立、評估、調整、撤銷、負責人遴選與換屆等相關管理工作；負責校學術委員會秘書工作；負責學部、院系學術委員會換屆、調整的審核工作；受理學術不端申訴，協助開展調查研究；做好校學術委員會全體會議的籌備、組織召開工作，推進落實相關會議精神；負責學科建設委員會及其分委員會的秘書工作；做好學科建設委員會全體會議的籌備、組織和會議精神貫徹落實工作；做好學科建設委員會全體會議的籌備、組織召開工作，推進落實相關會議精神。
掛靠單位
理學部辦公室、信息與工程科學部辦公室、人文學部辦公室、社會科學學部辦公室以及經濟與管理學部辦公室等5個學部辦公室作為學部日常辦事機構，掛靠在學科建設辦公室。
學部辦公室圍繞學部職責，配合學部主任、副主任開展工作，充分發揮協調作用，做好秘書、文書、信息管理、會務組織、日常綜合事務以及校、學部和學科建設辦公室交辦的其他工作。理學部辦公室、信息與工程科學部辦公室、人文學部辦公室、社會科學學部辦公室以及經濟與管理學部辦公室等5個學部辦公室的具體職責如下：
1. 為學部履行職責提供行政支撐與服務。
2. 負責學部辦公會議、學部學術委員會會議等學部層面會議的組織工作，為學部決策提供服務支撐和落實保障。
3. 做好相關秘書工作，組織起草學部運行規則等相關規章制度，學部公文處理，學部信息收集處理，協調安排相關活動，負責學部與學校、職能部門、本學部所屬學術機構的相關溝通協調等。
4. 完成學校、學部和學科建設辦公室交辦的其他工作。
