劉五店水道為天然水道，位於廈門島東水道內東岸，東水道沿岸主要為紅土台地，地勢平緩，港灣深闊，深入內地達20公里。
劉五店港區碼頭向外50～60米處水深達6～7米，深5米以上的水域寬度約450米，向北逐漸變窄，僅20米左右；向南及西南方向水漸加深，為東嘴港、潯江向東、南方向延伸的一個深槽，最深22米。廈門北側水道深10米以上的水域寬約1500米，在平潮時萬噸級船舶可以從廈門北側水道進入距碼頭50～60米的水域，出口航道即廈門東水道。進出港船舶需繞道橫穿淺灘由廈門港青嶼水道航行。5萬噸級船不需乘潮即能通過北水道及東水道。
