主機板架構就主機板的板型布局，主要是ATX和BTX兩類。
分類
ATX分為標準ATX、Micro ATX，而BTX也分為標準BTX、Micro BTX和Pico BTX三種。
ATX在結構中，記憶體槽的位置是垂直擺放的，它正好會阻擋氣流通過。在ATX機架式伺服器中，為了避免記憶體阻擋氣流通過，很多伺服器專用主機板都採用記憶體斜插，或是採用伺服器專用的半高記憶體。BTX將記憶體插槽轉了90度，使氣流可以順記憶體通過，對於工作頻率越來越高的記憶體來說，此舉也可以讓記憶體得到更好的散熱條件。
一般商家所說的大板就是ATX，小板就是MicroATX。通過看主機板所帶擴展插槽就可以分辨是大板還是小板，所有擴展插槽在3個或以下的，一般是MicroATX，超過3個的就是ATX還是BTX主要是CPU，北橋南橋的擺放位置，CPU北橋南橋和機箱後部的接口基本一條線的是BTX，機箱站立，CPU北橋南橋是垂直排列的是ATX。
BTX是英特爾提出的新型主機板架構Balanced Technology Extended的簡稱，是ATX結構的替代者。 BTX規格能夠在不犧牲性能的前提下做到最小的體積。 BTX支持Low-profile，也即窄板設計，系統結構將更加緊湊； 針對散熱和氣流的運動，對主機板的線路布局進行了最佳化設計； 主機板的安裝將更加簡便，機械性能也將經過最最佳化設計。 而且，BTX提供了很好的兼容性。 BTX主機板還將完全取消傳統的串口、並口、PS/2等接口。
