主辦結構由於主機板是電腦中各種設備的連線載體,而這些設備的各不相同的,而且主機板本身也有晶片組,各種I/O控制晶片,擴展插槽,擴展接口,電源插座等元器件,因此制定一個標準以協調各種設備的關係是必須的。所謂主機板結構就是根據主機板上各元器件的布局排列方式,尺寸大小,形狀,所使用的電源規格等制定出的通用標準,所有主機板廠商都必須遵循。
主機板結構分為AT、Baby-AT、ATX、Micro ATX、LPX、NLX、Flex ATX、EATX、WATX以及BTX等結構。其中,AT和Baby-AT是多年前的老主機板結構,現在已經淘汰;而LPX、NLX、Flex ATX則是ATX的變種,多見於國外的品牌機,國內尚不多見;EATX和WATX則多用於伺服器/工作站主機板;ATX是目前市場上最常見的主機板結構,擴展插槽較多,PCI插槽數量在4-6個,大多數主機板都採用此結構;Micro ATX又稱Mini ATX,是ATX結構的簡化版,就是常說的“小板”,擴展插槽較少,PCI插槽數量在3個或3個以下,多用於品牌機並配備小型機箱;而BTX則是英特爾制定的最新一代主機板結構。