中蹄蝠亞種的劃分、分布及有效性尚不清楚,國內學者的觀點不一致。Simmons(2005)及IUCN紅色名錄(2013)認為中蹄蝠亞種的劃分、分布及有效性仍不清楚;王應祥(2003)認為中國的中蹄蝠有3個亞種:海南亞種(H.I.poutensis)、越北亞種(H. l.alongensis)和緬甸亞種(H. l. grandis),海南和廣西的中蹄蝠同屬海南亞種;羅蓉等(1993)認為有2個亞種:海南亞種(僅分布於海南和貴州的羅旬)和緬甸亞種(分布於廣西、雲南和貴州的安龍);根據Sun等(2009)、Thabah等(2006)的研究結果,雲南、廣東、廣西的中蹄蝠應屬同一亞種,但和緬甸的中蹄蝠不是同一亞種;Smith和解焱(2009)認為分布在中國的中蹄蝠是一個亞種,即H. l. poutensis。