中國科學院環境生物技術重點實驗室，前身為環境生物技術實驗室，創建於1995年，2010年經中國科學院批准籌建院重點實驗室，2013年4月26日正式成立。實驗室本部面積1200平方米，昌平研究基地面積4500平方米。
中國科學院環境生物技術重點實驗室主任王愛傑研究員，副主任莊國強研究員、戰愛斌研究員。實驗室學術委員會主任康樂院士，副主任任南琪院士。實驗室固定人員 40人，其中研究體系35人（包括研究員10人、副研究員7人、助理研究員18人），支撐人員5人（包括技術人員3人，專職管理人員2人）。擁有傑青1人，百人計畫6人，優青1人。實驗室下設3個研究單元和4個科研支 撐平台。實驗室一直保持著活躍的國際交流與合作，與美國、英國、澳大利亞等國家的大學和科研機構建立了良好的科研合作關係。實驗室現有海外榮譽教授和客座 教授10人，其中院士6人。
中國科學院環境生物技術重點實驗室的定位是，面向學科前沿和國家重大需求，系統地開展環境生物技術的理論與套用研究。重點圍繞著環境污染的生物 檢測與診斷、環境污染的生物過程與效應、環境污染的生物控制原理與技術三個研究方向，探索生物技術主導的手段和方法，減小或修復環境污染對生物體及其生存 環境的危害，強調理論、技術、套用的緊密結合，產生具有科學突破和套用價值的創新成果。
