MS-O6R

由於試作型高機動扎古測試的成績令人非常滿意，因此R型正式的量產型——MS-06R-1 高機動型扎古Ⅱ在略經調整（增加了推進劑的最大搭載量、改良了驅動部分及電氣系統的設計）後迅速投入了量產。

火箭引擎出力增加引起的問題並沒有得到很好的解決，所以R-1型只生產了22架，真正解決了這個問題的是R-1的改良型——MS-06R-1A型。 為了解決MS-06R-1的推進器故障頻發的問題，在開發主任雷姆的強烈要求之下，MS-06R-1A採用了競爭對手茲瑪德（ツィマッド）公司所開發的推進器；另外將R-1型的燃料槽改為彈筒式，又對機體的背部及腳部進行了最佳化處理，使整備性大為提高，強化了機體的一線作戰能力。從6月開始，R-1A型共生產了56架，另有10架左右由R-1型改修而來，是R型中量產數目最多的，其出色的性能得到了很多王牌駕駛員的鐘愛，甚至有“MS-06R-1A型是王牌才有資格駕駛的機體”的說法。

MS-06R-1M

本機的另一個衍生型號為，MS-06R-1M主要是為基茜莉亞少將麾下所屬的突擊機動軍海軍陸戰隊等部隊製造的機體，是由部分R-1型及R-1A型改修而來，卸除了部分裝甲以追求機體的輕量化，總計約生產了28架。

MS-06-R2

在MS-06R-1A型的基礎上強化了腳部裝甲，駕駛艙內部管理方式也進行了變更。由於在次世代主力機的競爭時輸給了MS-09R，因此本型只生產了4架後計畫就終止了。畢竟06型機體的性能已達到了極限，本型機的失敗並不出人意料；但本型機的推進劑槽等相關問題、推進器的裝甲防禦等設計構想為以後MS-14S的設計提供了參考。 MS-06R-3S為MS-06R型系列的最終型。由於R-2型在與茲瑪德公司設計的MS-09R 加大魔爭奪次期主力MS的資格時競爭失敗，本機純粹成了後來的MS-14 勇士的實驗機。設計人員之間常用“扎古Ⅲ”和“試作型勇士”來稱呼本機。

MS-06-R2

MS-06R1