Life Technologies公司新一代Ion Proton測序儀將最先推出的是Ion Proton I晶片,適合外顯子組測序。而在今年底或明年初,Life Tech將繼續推出Ion Proton II晶片,用於全基因組測序。
性能介紹,工作流程,1 文庫構造,2 模板製備,3 運行測序,4 分析數據,系統數據處理,優勢,主要套用領域,
性能介紹
單晶片載入中
為實現最佳化的性能和簡便性,IonProton™系統提供了全新設計的晶片載入機制。新型的垂直晶片夾簡單易用,為IonProton™晶片和IonProton™測序儀提供了最佳的界面。IonProton™晶片只能朝一個方向插入,可實現防錯載入,只需推動控制桿即可輕鬆活動晶片夾。
集成的試劑輸送
IonProton™測序儀將所有試劑置於儀器前方的單扇門之後,十分方便。訂購時,單個部件代號包括需要的全部試劑,容器被直接從一體化試劑盒裝載至儀器上,操作簡便、省時。其設計不僅簡潔、美觀,而且最大程度縮小了儀器的尺寸。
工作流程
IonProton™系統提供了簡單的端到端工作流程,可快速獲得高質量的測序結果
IonTorrent備受期待的IonProton™系統*可使外顯子組、全轉錄組和人類基因組規模的測序變得前所未有的方便、經濟。
IonPI™晶片適用於外顯子組和轉錄組測序,是簡單、全面的工作流程——從文庫製備到數據分析——的一部分。
IonPII™晶片可用於人類基因組規模的測序,預計將於IonProton™系統推出後約6個月問世。
IonProton™系統工作流程包括最佳化的文庫試劑盒、自動化模板製備、快速測序運行和集成數據分析解決方案。
1 文庫構造
Ion文庫試劑盒提供了簡單的高性能文庫解決方案,與Ion半導體測序系統結合使用,可用於外顯子組、轉錄組、基因組和靶點測序。
2 模板製備
IonChef™系統*†將為各種專業知識的用戶提供高通量的自動化模板製備和晶片載入。較低通量的用戶可選擇現已有售的IonOneTouch™2系統,實現全自動模板製備。
3 運行測序
Proton™Torrent伺服器預載入了TorrentSuite軟體,可用於鹼基檢測、作圖、校準和變異體檢測。變異體可載入至IonReporter™軟體中,用於生物學闡釋和常見變異體的鑑定。
4 分析數據
測序分析獲得的數據自動傳至裝有TorrentSuite軟體的Proton™Torrent伺服器。Torrent軟體套裝將原始的電壓半導體測序數據處理為DNA鹼基序列。
系統數據處理
採用先進的硬體可實現一天基因組測序
IonProton™系統是能夠實現$1,000基因組的唯一測序平台*。它將是可在一天內提供人類基因組規模分析的第一台儀器系統,包括數據處理、鹼基檢測和變異體檢測。
IonProton™系統採用半導體技術,可提供在幾個小時內完成測序所需的速度,而且利用IonProton™測序儀中先進的電子設備,能夠一天內在Proton™Torrent伺服器——IonProton™系統附帶的簡單的台式伺服器——上實現變異體檢測。
IonProton™測序儀採用了最新、最先進的計算硬體(圖形處理器(GPU)和現場可程式門陣列(FPGA)技術),可在測序儀內部實現密集型計算數據處理。隨後在Proton™Torrent伺服器上進行計算密集程度較低的鹼基檢測和變異體檢測。
IonProton™系統將提供前所未有的速度和價格優勢,可在台式測序儀和台式伺服器上實現外顯子組、轉錄組和人類基因組測序,而直到現在,完成這些操作仍需體積較大的測序儀和高端集群。
優勢
新的IonProton™測序儀更上一層樓.憑藉密度比IonPGM™測序儀高1000倍的晶片,IonProton™測序儀將使得全基因組測序對每個實驗室都觸手可及.
新的IonProton™測序儀是基於新一代的半導體測序技術,此技術已讓IonPGM™測序儀成為世界上銷售最快的測序儀.新的高通量晶片將實現讓IonProton™測序儀與IonPGM™測序儀相當的運行單日流程,來完成單個人類基因組的測序.
IonProton™台式測序儀,適合於每個實驗室,各種套用,各種預算。
IonProton測序儀,快速、簡捷、擴展,獨一無二的台式基因組中心。
主要套用領域
♦ 擴增子測序擴增子測序是指利用PCR技術將基因組序列中的某個特定區域擴增出來進行測序,在臨床上有極大的套用。針對PGMTM測序儀,自主研發了擴增子測序高通量序列拼接、比對和分析程式,並與獨有的微生物分子標識資料庫相結合,將能將微生物菌株鑑定到種屬、血清型甚至菌株水平。♦ RNA單鏈測序RNA單鏈測序在轉錄組測序分析和small RNA測序分析領域具有重要套用價值,但目前市場上缺少原核生物RNA單鏈測序的試劑盒。結合前期積累的原核生物核糖體RNA消除技術,利用PGMTM測序儀建立了原核生物RNA單鏈測序標準化操作規程,並自主研發了配套的生物信息學分析程式,為原核生物的轉錄組測序和small RNA測序提供平台和技術基礎。♦ 基因組及宏基因組測序與新一代測序相比,PGMTM測序儀具有更好的測序覆蓋均衡度,可以測序獲得新一代測序無法獲得的區域。將PGMTM測序儀與高通量的新一代測序儀(Solexa、Roche 454等)結合使用,可套用於基因組及宏基因組測序領域[1]。