GC-skew

skew有歪,斜,偏的意思,GC-skew翻譯為GC歪斜或GC偏移。GC skew = (G - C)/(G +C),用來衡量G和C的相對含量,如果G>C則GC skew的值為正值,G<C則為負值。

在大多數細菌基因組中,我們注意到前導鏈(leading strand)和滯後鏈(lagging strand)在鹼基組成上存在很明顯的不同——前導鏈富含G和T,而滯後鏈中的A和C更多一些。打破A=T和C=G的鹼基頻率發生的偏移,被稱之為“AT(AT-skew)”和“GC(GC-skew)”。由於通常GC偏移比AT偏移發生的更明顯,所以習慣上更多地只考慮GC偏移。
因為GC偏移在前導鏈中是正值而在滯後鏈中為負值,所以GC偏移值是前導鏈起點、終點以及轉變成滯後鏈的信號,反之亦然。這使得GC偏移成為在環狀染色體(circular chromosomes)中標記起點和終點的一個有用的工具。

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