FASTA算法(FASTA algorithm)是2018年全國科學技術名詞審定委員會公布的計算機科學技術名詞,出自《計算機科學技術名詞 》第三版。
基本介紹
- 中文名:FASTA算法
- 外文名:FASTA algorithm
- 所屬學科:計算機科學技術
- 公布時間:2018年
FASTA算法(FASTA algorithm)是2018年全國科學技術名詞審定委員會公布的計算機科學技術名詞,出自《計算機科學技術名詞 》第三版。
FASTA算法(FASTA algorithm)是2018年全國科學技術名詞審定委員會公布的計算機科學技術名詞,出自《計算機科學技術名詞 》第三版。定義史密斯-沃特曼算法的快速近似算法。速度和敏感度介於史密斯-沃特曼算法...
fasta格式,又稱Pearson格式,主要發明人是威廉·皮爾森(William Raymond Pearson)和戴維德.李普曼(David J. Lipman),威廉·雷蒙德·皮爾森是美國維吉尼亞大學的生物化學與分子遺傳學教授,戴維德.李普曼在1989年至2017年期間擔任NCBI主任,他也是BLAST算法的發明人之一。1985年3月,雙方在科學期刊Science上合作發表了相關...
該算法是由 Saul B. Needlman和 Christian D. Wunsch 兩位科學家於1970年發明的。本算法高效地解決了如何將一個龐大的數學問題分解為一系列小問題,並且從一系列小問題的解決方法重建大問題的解決方法的過程。該算法也被稱為最佳化匹配算法和整體序列比較法。Needleman-Wunsch 算法仍然被廣泛套用於最佳化整體序列比較中。...
第三節 評價智慧型化算法的一個理論框架62 一、離散吸收馬氏過程62 二、隨機算法的收斂性和複雜性63 參考文獻70 第三章 序列聯配與隱馬氏模型71 第一節 雙序列聯配71 一、序列的同源性和相似性71 二、PAM和BLOSUM計分矩陣72 三、動態規划算法75 四、資料庫搜尋的FASTA和BLAST算法77 第二節 多序列聯配79 一...
FASTA 格式 52pan> FASTQ 格式 522 MapReduce解決方案:FASTA 格式 522 運行示例 524 MapReduce解決方案: FASTQ 格式 528 Spark 解決方案: FASTA 格式 533 Spark解決方案: FASTQ 格式 537 第25章 RNA測序 543 數據大小和格式 543 MapReduce工作流 544 RNA測序分析概述 544 RNA測序MapReduce算法 548 第26章基因...
蛋白質相似性矩陣,或SIMAP,是一個出於科學目構建的,使用分散式計算創建的相似蛋白資料庫。SIMAP使用FASTA算法預先計算蛋白質的相似性,而另一個應用程式使用隱藏的馬爾可夫模型搜尋蛋白質結構域。項目的簡稱是 SIMAP,意為蛋白質相似矩陣。該項目由德國慕尼黑科技大學發起。目前,最強大的描繪出蛋白質序列的工具就是...
此外,BLAST比FASTA更快速,因為BLAST只對比較少出現或是較重要的一些關鍵字作更進一步的分析,而FASTA是考慮所有共同出現在所要搜尋的序列和目標序列的字。從下面介紹的算法可以更進一步的了解。算法 這邊我們以蛋白質對蛋白質序列搜尋所用的程式BLASTP之實做的步驟,來了解BLAST這程式的主要思想。移除Query序列中之低...
因此,啟發式方法的引入勢在必然,著名的BLAST和FASTA算法及相應的改進方法均是從此前提出發的。蛋白質比對 基本問題是比較兩個或兩個以上蛋白質分子空間結構的相似性或不相似性。蛋白質的結構與功能是密切相關的,一般認為,具有相似功能的蛋白質結構一般相似。蛋白質是由胺基酸組成的長鏈,長度從50到1000~3000AA(...