DNA甲基化酶

大多數限制性內切酶常常伴隨有1~2種修飾酶，即DNA甲基化酶，它能保護細胞自身的DNA不被限制性內切酶破壞。

限制修飾系統（R-M系統）Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型中的甲基化酶可使細菌DNA分子中的胞嘧啶和腺嘌呤發生甲基化，形成5‘-甲基胞嘧啶和6‘-甲基腺嘌呤.

在DNA重組實驗中，常用的甲基化酶屬於Ⅱ型，它與相應的限制酶的識別順序相同，但甲基化位點與限制酶作用位點不一定相同。