DNA嵌進劑是能夠插入到DNA雙鏈中相鄰的鹼基對間而與DNA結合的化合物。多為具有芳香族結構的扁平分子,如吖啶類染料。DNA嵌進劑與DNA結合會引起雙螺旋的解旋、伸長和僵硬,導致染色質結構和功能的改變。DNA是高分子聚合物,DNA溶液為高分子溶液,具有很高的粘度,可被甲基綠染成綠色。
在雙螺旋的DNA中,分子鏈是由互補的核苷酸配對組成的,兩條鏈依靠氫鏈結合在一起。由於氫鏈鏈數的限制,DNA的鹼基排列配對方式只能是A對T(由兩個氫鍵相連)或C對G(由三個氫鏈相連)。因此,一條鏈的鹼基序列就可以決定了另一條的鹼基序列,因為每一條鏈的鹼基對和另一條鏈的鹼基對都必須是互補的。