黃宇，男，2003年畢業於復旦大學生物科學專業，2010年獲美國南加州大學生物信息博士學位。現任中國科學院上海藥物研究所研究員，課題組長。
基本介紹
- 中文名：黃宇
- 外文名：Yu Huang
- 國籍：中國
- 民族：漢
- 職業：中國科學院上海藥物研究所研究員
- 畢業院校：復旦大學，University of Southern California
- 主要成就：中科院百人計畫
現任中國科學院上海藥物研究所研究員、課題組長，2015年入選中國科學院百人計畫, 曾任美國Illumina Inc公司生物信息科學家。加利福尼亞大學洛杉磯分校人類遺傳系博士後，南加州大學生物信息學博士，復旦大學生物本科。開發了Illumina公司的DNA甲基化雲計算軟體 MethylSeq，並套用到診斷癌症和發現癌症標誌物；研製出第一個非人靈長類群體基因資源和發現一系列大型家譜表型相關的基因。在Nature、Bioinformatics、BMC Biology等雜誌上發表SCI論文15餘篇。主要從事個性化藥物相關的生物信息模型和算法研究，癌症CNV突變發現算法Accurity，發現個性化藥物敏感標誌物，根據基因變異預測藥物療效等。
教育經歷：
2003.8 - 2010.10 美國南加州大學，生物信息，博士
1999.9 - 2003.7 復旦大學，生物科學，學士
工作經歷：
2015.05 - 至今 上海藥物研究所，研究員，研究組長
2014.04 - 2015.05 Illumina Inc. 聖地亞哥，生物信息科學家
2010.11 - 2014.04 加利福尼亞大學洛杉磯分校，博士後
研究方向：
1. 生物信息方法和模型：腫瘤進化模型、腫瘤標誌物發現方法、疾病risk預測、細分最佳化人群方法
2. 個性化藥物研究: 靶標發現、研究藥物作用機理，藥物耐藥機制
獎勵及榮譽：
- 2015年中科院百人計畫
代表論著：
- Z Luo*, X Fan*, Y Su, YS Huang# (2018) Accurity: accurate tumor purity and ploidy inference from tumor-normal WGS data by jointly modelling somatic copy number alterations and heterozygous germline single-nucleotide-variants. Bioinformatics
- YS Huang, V Ramensky, et al., Nelson Freimer (2015) Sequencing strategies and characterization of 721 vervet monkey genomes for future genetic analyses of medically relevant traits BMC Biology
- MW Horton, AM Hancock*,YS Huang*, C Toomajian*, S Atwell, A Auton, NW Muliyati, A Platt, FG Sperone, BJ Vilhjálmsson, M Nordborg, JO Borevitz, J Bergelson (2012): Genome-wide patterns of genetic variation in worldwide Arabidopsis thaliana accessions from the RegMap panel. Nature Genetics
- YS Huang#, M Horton, BJ Vilhjálmsson, Ü Seren, D Meng, C Meyer, MA Amer, JO Borevitz, J Bergelson, M Nordborg (2011): Analysis and visualization of Arabidopsis thaliana GWAS using web 2.0 technologies. Database 2011; (#: corresponding author)
- S Atwell*,YS Huang*, BJ Vilhjálmsson*, G Willems*, M Horton, Y Li, D Meng, A Platt, A Tarone, TT. Hu, R Jiang, NW Muliyati, X Zhang, MAi Amer, I Baxter, B Brachi, J Chory, C Dean, M Debieu, J de Meaux, JR Ecker, N Faure, JM Kniskern, JD Jones, T Michael, A Nemri, F Roux, DE Salt, C Tang, M Todesco, MB Traw, D Weigel, P Marjoram, JO Borevitz, J Bergelson, M Nordborg (2010): Genome-wide association study of 107 phenotypes in a common set of Arabidopsis thaliana inbred lines. Nature (*: equal contribution.)
- A Platt, M Horton*,YS Huang*, Y Li*, A Anastasio, NW Mulyati, J Ågren, O Bossdorf, D Byers, K Donohue, M Dunning, E Holub, A Hudson, V Le Corre, O Loudet, F Roux, N Warthmann, D Weigel, L Rivero, R Scholl, M Nordborg, J Bergelson, JO. Borevitz (2010): The Scale of Population Structure in Arabidopsis thaliana. Plos Genetics (*: equal contribution.)
- Y Huang*, H Li*, H Hu, X Yan, MS. Waterman, H Huang and XJ Zhou (2007): Systematic discovery of functional modules and context-specific functional annotation of human genome. Bioinformatics (ISMB 2007) 23:i222-229. (*: equal contribution.)
