鱘類系統發育基因組學及其生活史特徵演化研究

《鱘類系統發育基因組學及其生活史特徵演化研究》是依託西南大學，由彭作剛擔任項目負責人的面上項目。

基本介紹

• 中文名：鱘類系統發育基因組學及其生活史特徵演化研究
• 項目類別：面上項目
• 項目負責人：彭作剛
• 依託單位：西南大學

項目摘要

本項目瞄準重建生命之樹這一國際關注的熱點問題，在我們前期研究工作的基礎上，選擇有活化石之稱的鱘形目鱘科魚類（sturgeons）進行研究。鱘類因其在魚類演化歷史過程中的重要性和特殊性以及現實的瀕危狀況，現已成為進化生物學、保護生物學以及基因組學研究的熱點類群。然而此前研究存在取樣不全以及分子標記少等局限，其系統發育關係還亟待闡明。本研究採用系統發育基因組學（phylogenomics）的原理和方法，在基因組水平上進行鱘類分子系統發育關係研究，以期獲得一個鱘類最為可靠的系統發育關係假說。在此基礎上，結合鱘類生活史特徵數據，採用比較系統發育分析方法，研究其生活史特徵演化規律；同時通過系統發育獨立對比分析方法，探討鱘類分子進化速率差異與其生活史差異間的相關關係，以期為鱘類進化基因組學和保護生物學研究的深入開展奠定基礎。

結題摘要

有“活化石”之稱的鱘形目魚類因其在魚類演化歷史過程中的重要性和特殊性以及現實的瀕危狀況，是進化生物學、保護生物學以及基因組學研究的熱點類群。本項目以鱘形目鱘科魚類（sturgeons）為研究對象，採集了16種鱘科魚類樣品，採用常規sanger測序和下一代高通量測序技術，運用生物信息學分析方法，結合已公布的鱘類轉錄組以及相關物種全基因組序列數據，我們在達氏鱘基因組中開發了大量微衛星分子標記並成功篩選出八個具有多態性的微衛星座位，這為達氏鱘及其近緣物種的保護遺傳學研究打下了堅實基礎；同時我們成功開發了16個匿名分子標記以及8個單拷貝直系同源核基因分子標記，這為後續鱘類系統發育關係的全面解析奠定了堅實的基礎。由於存在樣品獲取非常困難以及在多倍體物種中分離單拷貝直系同源基因非常困難等因素，目前項目部分目標還未實現，但本項目所涉及的研究工作還在深入的開展之中。