三江源自然保護區生態保護與建設總體規劃實施工作是我州當前中心工作之一，為了順利、穩定推進我州三江源生態保護與建設總體規劃實施工作的進行和規範三江源工作的管理，便於與省、縣之間各項工作的協調和銜接，以及辦公室內部工作的開展，在總結自三江源辦公室成立以來運行過程中的經驗的基礎上，將三江源辦公室機構設定為綜合科、工程科、規劃科三個科室，辦公室總人數為15人。其各項職責如下：
辦公室主任：牛龍蛟，職數1名，負責全盤工作；
辦公室副主任：蘇維全，職數1名，協助辦公室主任開展各項工作；
綜合科：科長馮延山，成員4名。工作職責：負責辦公室日常事務，起草各類檔案以及各類匯報材料，各類工作組接待、與省、縣各項工作銜接，信息、宣傳報導等事宜。
工程科：科長張建財，成員2名。工作職責：負責督促各項工程作業設計、工程招投標、建設質量、進度，進行項目稽查，上報工程進度月報表以及規劃的落實情況、信息、宣傳報導，對口業務與省、各縣、各工作組銜接等事宜；
規劃科：科長索傑，成員2名。工作職責：負責規劃的編制審查、上報建設計畫下達，各項技能培訓，各項計畫統計、信息、宣傳報導等事宜。
打字員兼收發一名。工作職責：負責辦公室有關檔案、表格、信息等材料的列印、校對、處理省、州、縣有關來文、寄發本辦公室的有關檔案、負責辦公室檔案歸檔管理工作。
司機一名，負責本辦車輛的管理、維護工作、保證工作用車需要。
辦公室主任：牛龍蛟，職數1名，負責全盤工作；
辦公室副主任：蘇維全，職數1名，協助辦公室主任開展各項工作；
綜合科：科長馮延山，成員4名。工作職責：負責辦公室日常事務，起草各類檔案以及各類匯報材料，各類工作組接待、與省、縣各項工作銜接，信息、宣傳報導等事宜。
工程科：科長張建財，成員2名。工作職責：負責督促各項工程作業設計、工程招投標、建設質量、進度，進行項目稽查，上報工程進度月報表以及規劃的落實情況、信息、宣傳報導，對口業務與省、各縣、各工作組銜接等事宜；
規劃科：科長索傑，成員2名。工作職責：負責規劃的編制審查、上報建設計畫下達，各項技能培訓，各項計畫統計、信息、宣傳報導等事宜。
打字員兼收發一名。工作職責：負責辦公室有關檔案、表格、信息等材料的列印、校對、處理省、州、縣有關來文、寄發本辦公室的有關檔案、負責辦公室檔案歸檔管理工作。
司機一名，負責本辦車輛的管理、維護工作、保證工作用車需要。
