雙重標記實驗用於檢測同一細胞內兩種不同抗原。該方法套用兩種不同螢光染料標記的抗體分別檢測不同抗原。由於在同一個樣本使用兩種染料，為此就要求每一種檢測試劑僅能識別一種抗原。有3種方法能夠達到這一目的。最確定的方法是直接標記一抗。例如，當套用針對不同抗原的兩種特異性純化單抗時，將其中一種標記FITC，另一種標記Texas紅。只要這兩種單抗本身適合進行螢光標記，一般均會得到滿意的結果。
