隨機引物PCR

隨機引物PCR

隨機引物PCR(arbitrarily primed PCR,AP-PCR)是指在對模板順序一無所知的情況下,通過隨意設計或選擇一個非特異性引物,在PCR反應體系中,首先在不嚴格條件下使引物與模板DNA中許多序列通過錯配而復性。在理論上,並不一定要求整個引物都與模板復性,而只要引物的一部分特別是3’端有3-4個以上鹼基與模板互補復性,既可使引物延伸。

基本介紹

  • 中文名:隨機引物PCR
  • 外文名:arbitrarily primed PCR
  • 縮寫:AP-PCR
  • 類別:非特異性引物
理論基礎,實例,

理論基礎

理論上,一旦在兩條單鏈上相距一定距離且有反向復性引物存在,則可在Taq DNA聚合酶的作用下進行DNA片段的擴增,經1至數輪不嚴格條件下的PCR循環後,再於嚴格條件下進行擴增。經DNA測序凝膠電泳分離後,即可得到DNA指紋圖,通過對不同來源基因指紋圖之間的比較,即可反映出待分析基因組的特徵。

實例

例如AP-PCR在mRNA差異顯示中的運用,就是根據mRNA 3’端都有poly(A), 在poly(A)5’前1個鹼基除A外有3種(5’…TAA…A 3’; 5’…GAA…A 3’; 5’…CAA…A3’)。通過選擇一個與mRNA 3’端錨定引物(5’TT…TTG 3’) 在逆轉錄酶的作用下進行cDNA第一鏈擴增(反向轉錄),隨後加入一個 cDNA 3’端的任意引物與T12M(M代表A、G或C)在低復性溫度下進行第一個循環擴增。因此低復性溫度下3’端任意引物隨機地結合在cDNA第一鏈上,從而不同mRNA將得到不同大小的擴增產物,經變性聚丙烯醯胺凝膠分離得到不同的指紋圖譜。

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