阿壩藏族羌族自治州衛生局為阿壩藏族羌族自治州人民政府工作部門。阿壩州衛生局掛阿壩州中醫藏醫羌醫管理局（簡稱州中藏羌醫管理局）牌子。
主要職責,內設機構,
主要職責
（一）貫徹執行國家、省衛生工作方針政策和法律法規。制定全州衛生事業發展規劃、十年行動計畫和年度計畫，並組織實施和監督落實。負責衛生法律法規的宣傳教育。
（二）推進醫藥衛生體制改革。承擔新型農村合作醫療制度、基本藥物制度、醫療衛生體系建設、公共衛生服務均等化、公立醫院改革等工作任務。
（三）負責區域衛生規劃的編制和實施。統籌規劃、協調全州衛生資源配置。
（四）承擔衛生行政審批職責。負責全州醫療衛生行業監督管理。
（五）制定全州疾病預防控制、健康教育計畫並組織實施。組織開展大骨節病、包蟲病等地方病，肝炎、結核病、愛滋病等傳染病和糖尿病、高血壓等慢性非傳染性疾病監測、預防和控制。組織實施計畫免疫和擴大免疫規劃。貫徹預防為主方針，指導全民健康教育。
（六）組織實施“兩綱”婦女兒童保健項目、農村住院分娩補助項目、提高農村住院分娩率區域合作項目。組織開展孕產婦系統保健、嬰幼兒系統保健，婦女、兒童疾病監測與防治。組織開展新生兒疾病篩查。
（七）承擔食品安全綜合協調職責，組織制定我州食品安全標準，負責食品相關產品的安全風險評估、預警工作，查處食品安全重大事故，統一發布全州重大食品安全信息。
（八）負責衛生應急工作。制定衛生應急預案和防控措施。組織、指導突發公共衛生事件預防控制與應急處置。發布突發公共衛生事件應急處置信息。開展突發公共衛生事件監測預警和風險評估。
（九）規範衛生行政執法。負責職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理。開展公共場所和飲用水的衛生安全監督、監測，傳染病防治和醫療機構感染監督。
（十）制訂社區衛生髮展規劃，指導社區衛生服務體系建設。
（十一）負責醫療機構服務技術、設施資格審查、準入和監督，組織實施醫療機構體系建設，指導、評審醫療機構綜合服務能力。負責醫療機構從業人員資格審查、準入，組織執業醫師資格考試。制定醫療衛生職業道德規範，建立全州醫療機構醫療服務評價和監督體系。
（十二）制訂醫療衛生科技發展規劃。組織開展醫療科技活動，審查科研鑑定、成果評審，組織新技術開發、推廣、運用，開展學術交流。參與制訂醫學教育發展規劃，組織開展繼續醫學教育和畢業後醫學教育工作。
（十三）負責實施醫療急救體系建設，指揮、調度急救資源，組織開展自然災害、重大事故、突發公共衛生事件醫療急救。
（十四）負責集中采供血體系建設，依法監督管理血站、單採血漿站及臨床用血質量，開展無償獻血宣傳，組織公民無償獻血。
（十五）負責全州中醫、民族醫藥機構行業監督管理，資格審查和綜合能力建設指導、評審。負責民族醫藥惠民工程的實施、考核、檢查。指導中醫藥、民族醫藥機構規範化建設、特色專病專科和名醫工作室建設。負責民族醫藥發掘、整理、總結、提高，搶救和保護瀕臨滅失的民族醫技、醫藥及單驗方。組織開展新藥開發和理論研究。指導民族醫藥製劑中心建設。承擔中醫、民族醫藥宣傳、普及任務。
（十六）制定衛生隊伍建設規劃，提出政策建議。制訂各級醫療衛生專業人員培訓計畫。負責實施提高農村衛生服務能力提高培訓項目。組織實施繼續醫學教育、全科醫生、學科帶頭人、專科進修、鄉村醫生、師承教育等培訓。負責醫療衛生人員專業技術資格考試、考核和評審。組織開展醫療衛生職業道德教育和行業作風建設。
（十七）負責幹部醫療保健工作。承擔黨和國家領導人、重要外賓來我州醫療衛生保障工作。承擔重要會議與重大活動的醫療衛生保障工作。
（十八）承擔州愛國衛生運動委員會、州食品安全協調委員會、州防治愛滋病工作委員會，州地方病及病害防治領導小組和州婦兒工委、州扶貧開發和綜合防治大骨節病領導小組所涉衛生工作等具體職責。
（十九）承擔州政府公布的有關行政審批事項。
（二十）承辦州政府交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，阿壩州衛生局設11個內設機構：
（一）辦公室
承辦、督辦、催辦局務會、局長辦公會議決定事宜。協助領導協調有關部門及科室。督辦上級有關指示和各科室工作。制定機關工作規則和制度，並監督執行。負責綜合性會議組織和公文處理，文秘事務，機要保密，檔案、史志、年鑑。組織編制衛生目標，實施目標管理、考核和總結。負責信息化建設。抓好機關效能建設和文明單位建設。組織協調代表建議、委員提案辦理。負責信息發布、公務車管理、後勤保障和安全防範、社會治安綜合治理。承擔衛生信息中心職能。
（二）規劃財務審計科
制定和組織執行全州衛生事業發展規劃、衛生資源配置標準、衛生經濟政策。落實衛生服務收費政策和管理辦法。負責衛生統計、衛生項目和藥品、器械、耗材集中採購。負責衛生事業經費預、決算和醫療衛生基礎設施項目的監督管理。協調管理衛生扶貧項目建設和利用國外貸款工作；依法審計監督衛生事業項目和世界銀行貸款項目資金，負責直屬單位領導的任期責任審計工作。
推進基本藥物制度建設，擬定全州基本藥物的採購、配送、使用政策，監管醫療機構基本藥物使用；提出基本藥物價格政策建議，會同有關方面提出基本藥物目錄內藥品生產的鼓勵政策；負責藥械集中採購管理及實施，擬訂藥品、醫用器械、醫用耗材集中採購目錄；對藥品、醫用器械採購招標活動進行監督管理，受理藥品和醫用器械集中採購活動中的投訴舉報。
（三）衛生法制與人事科
負責綜合性衛生政策調研，組織起草衛生地方性法規、規章草案；組織擬訂衛生政策和標準，擬定巨觀衛生政策和體制改革方案；制訂衛生系統普法規劃，負責衛生法規普法宣傳工作；負責衛生行政複議、衛生行政訴訟案件的應訴，重大衛生處罰和行政許可事項的聽證等工作；承擔機關規範性檔案的合法性審核和報備工作。
負責衛生法制宣傳、教育和建設。研究並制定全州衛生人才規劃、政策及管理辦法、實施意見。負責隊伍建設、幹部教育、培訓和表彰。負責機關和直屬單位機構編制和人事管理，承辦局黨委管理的領導班子考核和幹部選拔任用。負責機關離退休人員管理和指導直屬單位離退休人員管理。組織實施專業技術資格考試、職稱評審。
（四）突發公共衛生事件應急辦公室
負責貫徹落實處置突發公共衛生事件的法律法規。制定突發公共衛生事件應急處置規劃、意見、預案、方案。組織、指揮、協調醫療、疾病防控力量，開展急救、重大疫情和突發公共衛生事件處置工作。負責重大活動醫療衛生保障組織實施。
（五）疾病控制與婦幼保健科
制定公共衛生事業發展規劃，負責公共衛生服務均等化各項工作。制定全州疾病預防控制、婦幼衛生保健、“兩綱”目標婦幼項目計畫並組織實施。組織開展公共衛生機構等級評審和專業人員培訓、進修。負責疾病預防控制工作的組織、指揮、協調和管理。負責《中華人民共和國母嬰保健法》的貫徹，組織開展婦幼保健及婦女、兒童疾病的監測與防治。負責社區衛生服務體系建設，組織開展心理衛生服務。
（六）農村衛生管理科
制定農村衛生服務體系建設規劃。負責綜合管理農村基本衛生保健工作。組織開展鄉（鎮）衛生院、村衛生室規範化建設，實施鄉村衛生一體化管理。負責農村衛生服務能力提高項目、鄉（鎮）衛生院執業醫師招聘、農村訂單定向醫學生培養和鄉村醫生註冊。組織開展基層衛生人員培訓。負責新型農村合作醫療制度建設和監督管理。
（七）醫政科教與醫療服務監管科
制定醫療機構發展規劃，實施行業和質量監管。負責采供血機構監管和無償獻血。開展醫療機構綜合服務能力評審，指導醫院藥事、臨床重點專科建設、醫院感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理等有關工作。組織協調城鎮醫療支援農村衛生工作，協調醫療急救。組織實施基本醫藥制度和公立醫院改革。制定科研規劃，推廣新技術。組織科研成果評審、鑑定。制定和組織實施醫學教育發展規劃和專業人員培訓計畫。負責幹部保健並組織實施。調協處理醫療糾紛。負責執業師資格考試考務工作、從業人員執業註冊。負責醫德醫風教育。
（八）食品安全綜合協調辦公室
負責食品安全綜合協調，擬訂食品安全綜合監督政策措施並組織實施；組織擬訂食品安全地方標準；負責食品安全企業標準備案工作；組織開展食品安全監測、風險評估和預警工作；負責組織查處食品安全重大事故，發布重大食品安全信息；承擔州食品安全協調委員會的具體工作。
（九）行政審批與衛生監督科
制訂衛生監督體制改革和體系建設的相關政策、規劃和規範並組織實施。依法履行衛生行政審批職能。負責職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理。組織開展公共場所和飲用水的衛生安全監督、監測，傳染病防治和醫療機構感染監督。負責重大衛生行政處罰。組織開展衛生執法監督，管理衛生行政執法隊伍，整頓和規範醫療服務市場，督辦重大醫療衛生違法案件。
擬訂食品安全綜合監管政策措施並組織實施，組織制定食品安全標準，負責食品相關產品的安全風險評估、預警工作，負責食品安全綜合協調，組織查處食品安全重大事故，發布重大食品安全信息。
（十）中藏羌醫科
貫徹執行國家衛生工作及中、藏羌醫工作的方針、政策、法律、法規、條例和技術標準，制定實施意見和辦法。擬定中藏羌醫藥事業發展規劃。負責中醫、藏醫、羌醫藥工作的行業管理。指導中藏羌醫藥的理論、醫藥的發掘、整理、總結和提高。負責中藏羌醫機構規範化、標準化建設和等級評審。組織開展中藏羌醫藥師承教育、繼續教育和專業人才培訓。組織實施中藏羌醫藥科學研究、技術開發及科研項目。負責民族醫藥科技成果的評審、鑑定及推廣套用。
（十一）州地方病及病害防治領導小組辦公室（州愛國衛生運動委員會辦公室）
為州地方病及病害防治領導小組和州愛國衛生運動委員會具體辦事機構。負責組織有關單位、協調有關部門和地方政府開展地方病防治和愛國衛生運動。制定健康教育計畫並組織實施。制定地方病防治規劃、計畫和政策措施，並實施監督檢查、指導和管理。負責愛國衛生運動組織、檢查、考評，組織創建衛生城鎮、鄉村和無煙單位，指導農村改廁。
