阿勒泰火車站於2015年7月31日破土動工,,是阿勒泰地區“十二五”期間重點建設項目。阿勒泰站於2017年6月10日投入運營後,已成為阿勒泰地區打造新疆北部綜合交通樞紐城市的重要平台,對於進一步促進阿勒泰地區與新疆其他地區和內地的經貿、文化和人員往來具有重要的現實意義。
阿勒泰火車站主站房建築面積7000平方米,輔助設施有公寓樓、公安派出所、維修工區、貨場區等,建築面積8000平方米,整個火車站總建築面積達1萬5千平米,候車室最高聚集量為2630人。
火車站主站房總體高度是20.65米,中間的A字形高框架局部是28米,車站站房的造型寓意為金山。
2016年7月,車站的主體工程已完工,目前,主站房內外裝修施工已接近尾聲,2017年9月上旬將交付使用。
車站已於2017年6月10日開通客運,每日開行圖定客車4對。分別為烏魯木齊至阿勒泰的K9749/9750次;烏魯木齊至阿勒泰的K9791/9792次;阿克蘇至阿勒泰的K9774/9771/9772/9773次;喀什至阿勒泰的K9788/9785/9786/9787次。此外,又於2017年6月中旬開始開行烏魯木齊至伊寧至阿勒泰至烏魯木齊順時針方向Y951、Y956/7、Y954次和烏魯木齊至阿勒泰至伊寧至烏魯木齊逆時針方向的Y953、Y958/5、Y952次旅遊列車各一對。目前,車站每日共到發客運列車6對。