研究擬定科技發展戰略、中長期規劃和年度計畫；研究提出合理配置科技經費的意見和建議；門源回族自治縣科技局負責歸口管理的科學事業費、"科技三項費用"等有關經費的預、決算。
主要職能,內設機構,
主要職能
研究擬定加強技術創新、加強科技成果產業化的政策措施；組織實施科技攻關計畫、火炬計畫、星火計畫、科技成果推廣計畫、農業良種產業化工程、國家技術創新試點城市工作和可持續發展示範項目；門源回族自治縣科技局組織協調產學研結合，加強企業與大專院校、科研單位的科技聯合與協作。
歸口管理科技成果、科技獎勵、科技保密、技術市場和科技信息市場；門源回族自治縣科技局協調組織與科技相關的智慧財產權保護工作；負責《中華人民共和國契約法》中有關技術契約規定的實施和監督檢查。
內設機構
根據上述職責，市科技局內設7個職能科室。
（一）辦公室
負責局機關後勤工作；管理全系統行政經費、自然科學事業費、科技三項經費；負責機關財務、接待工作。
（二）政工科
負責全系統綜合協調、黨務、政務、人事、文秘、扶貧、實績考核、工青婦、體制改革等工作。
（三）農牧業科
負責全市農牧業項目的篩選、審核、論證、立項、申報工作，並組織實施、檢查、指導；負責國內外先進農牧業新技術、新成果、新材料的引進、試驗、示範工作；負責全市農村牧區科技培訓工作；負責農牧業科技園區的認定、管理工作；負責農牧業科技方面的調查、統計、規劃編制等工作；組織、牽頭農牧業科技特派員工作的規劃、計畫、總結、督促、指導、協調等工作。
（四）高新技術產業科
研究全市工業領域高新技術發展及產業化的政策措施；組織提出工業領域高新技術發展規劃和計畫；組織實施國家、自治區和全市科技攻關計畫、督促、指導、協調等工作。
（五）技術市場管理科
貫徹實施有關技術市場的法律、法規，管理監督全市技術貿易機構，進行年度檢查，培育全市技術市場，發展科技中介組織，幫助民營科技企業和各類民營科技服務組織的建立和審核，對各類技術貿易機構實行監督檢查，規範服務功能和質量，檢驗技術貿易證書，進行技術貿易情況的統計、分析、上報等工作。組織、申報、實施社會領域的國家、自治區重大科技計畫、科研項目；組織、管理、指導社會領域的科技工作；承擔社會領域的醫藥衛生、節能減排、循環經濟方面的科技工作以及協調、聯繫863計畫的組織、申報、管理工作；負責自然科學基金計畫及基礎研究規劃方面的工作。
（六）智慧財產權科
貫徹執行國家關於智慧財產權有關工作的方針政策、法律法規，研究提出加強我市有關智慧財產權保護工作的措施辦法；做好有關智慧財產權必要的協調工作；研究制定我市專利工作發展規劃和專利信息網路規劃，並組織實施；負責全市專利轉讓、專利貿易許可，專利權質押，專利廣告的出證管理工作，負責並指導旗縣市處理專利糾紛和查處冒充專利行為的工作；負責全市專利代理機構、人員資格的審報；組織推動《中華人民共和國專利法》及有關法規的宣傳普及工作；制定有關專利工作的教育與培訓規劃；負責有關專利和智慧財產權的統計和檔案管理等工作；負責全市科技獎勵工作。
（七）計畫成果管理科
研究全市科技發展戰略，編制全市中長期科技發展規劃和科技項目計畫；負責全市各類科技計畫的協調和配置；負責各類科技計畫的呈報、下達、匯總、驗收、統計；負責全市科技成果的鑑定、驗收、評審、登記。
