醫學微生物學方法是研究各種病原微生物在一定條件下與人體相互作用的規律，從而更有效地與有關疾病進行鬥爭的方法。微生物的種類很多，可分：①非細胞性微生物，主要是病毒，體積微小，能通過濾菌器，只能在活細胞內生長增殖。②原核細胞型微生物，僅有原始核，無核膜和核仁，缺乏細胞器，包括細菌、衣原體、立克次氏體、支原體、螺旋體和放線菌。③真核細胞型微生物，細胞核的分化程度較高，有核膜、核仁和染色體，胞漿內有完整的細胞器，如真菌。醫學微生物學方法主要是用來研究上述各種病原微生物的生物學特性與致病性，認識機體對病原微生物的免疫作用，感染與免疫的對立統一關係，掌握傳染病以及與微生物有關的其他疾病的診斷、治療與預防。對病原微生物的防治，在古代即有所記載，我國古代即有將水煮沸後飲用的習慣，並用水銀與硫磺治療某些皮膚病。
19世紀中葉，法國微生物學家巴斯德首先證明某些傳染病是由致病細菌所引起，並首創“巴氏消毒法”，奠定了近代微生物學方法的基礎。近年來，由於廣泛套用了同位素、免疫螢光、遺傳工程、電子顯微鏡、電子計算機等新技術，微生物學發展迅速，並形成了微生物工程學、微生物化學、分子微生物學及微生物遺傳工程學等分支學科。
