細胞破碎的方法有很多，常用的有：機械法、物理法、化學法、酶促法。
原理：通過細胞本身的酶系或外加酶製劑的催化作用，使細胞外層結構破壞，從而使細胞破碎。
詳情：通過細胞自身的酶系或者外加酶製劑的催化作用，細胞的外層結構遭到破壞，從而達到細胞破碎的方法。利用細胞本身的酶系的作用，在一定的pH和溫度條件下保溫一段時間，使細胞破壞，而使細胞內物質釋放出的方法，稱為自溶法。自溶法效果的好壞取決於溫度、pH、離子強度等自溶條件的選擇與控制。為了防止其他微生物在自溶細胞液中生長，必要時可以添加少量的
甲苯、
氯仿、
疊氮鈉等
防腐劑。
根據細胞外層結構的特點，還可以外加適當的酶作用於細胞，使細胞壁受到破壞，並在低滲透壓的溶液中使細胞破裂。在酶催化過程中，要根據細胞壁的結構特點選擇使用適宜的酶．並根據酶的動力學性質。控制好各種催化條件。用組織自溶或用溶菌酶、
脫氧核糖核酸酶、
磷脂酶等降解細胞膜結構，然後再進行提取。但應知道組織自溶法對某些酶的提取是不利的，如胰蛋白是以酶原形式純化後再激活成胰蛋白酶的。若用自溶法提取，酶原已轉成酶，純化就很困難；而用純的工具酶降解法無此缺點，但成本較高。
