酵母單雜交系統（Yeast one-hybrid system）是上世紀90年代中發展起來的研究DNA-蛋白質之間相互作用的新技術。它的基本原理是將已知順式作用元件構建到最基本啟動子 （minimal promoter，Pmin）的上游，把報告基因連線到Pmin下游。將編碼待測轉錄因子cDNA與已知酵母轉錄激活結構域 （transcription-activating domain, AD） 融合表達載體導入酵母細胞，該基因產物如果能夠與順式作用元件相結合，就能激活 Pmin啟動子，使報告基因得到表達。利用酵母單雜技術，可識別結合DNA的蛋白質；也可在酵母細胞內研究真核生物中DNA-蛋白質之間的相互作用；同時也能通過篩選DNA文庫直接獲得與靶序列相互作用蛋白的編碼基因。
常用的酵母雙雜交系統基本選用HIS3或LacZ作為報告基因，雖然有的系統將帶有報告基因的載體直接整合於酵母染色體上，在大部分的實驗中報告基因都位於質粒DNA上。
