農業綜合開發資金效益審計法即通過“四查四看”進行審計：
1．查農業綜合開發項目的立項、規劃、設計等管理程式是否規範，主要從開發主管部門的項目計畫人手，重點審查項目庫的建立是否合理，項目的選擇是否符合國家農業綜合開發投資的方向。
2．查農業綜合開發資金的管理使用是否存在截留、挪用等情況，看資金使用的合法性和效益性。這主要從財政部門管理的專戶人手，沿著資金的流向軌跡，分別對項目所涉及的資金撥付部門、項目組織實施單位、工程建設單位的財務情況進行延伸審計或調查。
3．查項目的基本設施建設情況，看項目預期效益的真實性。對現場實地勘察與調查詢問相結合來進行，對照上級下達的項目計畫(或項目驗收報告)實地進行清點，看是否存在已建項目被毀損、廢棄或無法正常發揮效用的現象。
4．查項目的管理監督制度是否有效執行，看開發主管部門的管理效益。這主要通過對財政部門的開發資金專戶管理、項目縣級財務報賬制度的執行情況進行監督檢查。
