農業企業成本兩階段法是把農產品成本核算分為兩個階段進行：第一階段核算作業成本，第二階段核算作物成本。其特點是，在“農業生產成本”棖，戶下設作業明細帳和作物明細棖兩種。作業明細帳按作業項目，如耕地、耙地、播種、田間運輸、灌溉、收割等設定。作物明細帳中的主要作物按作物品名設定，次要作物按作物組設定。
平時發生的生產費用，除種子、肥料、農藥等農用材料直接記入作物明細帳外，其他按作業項目分類歸集，記入有關作業明細帳；期末計算各作業成本，包括作業的總成本和單位面積成本，並將各作業成本分別按一定標準在受益作物間進行分配，轉入各作物成本明細帳內。根據各作物明細帳內直接記入的生產費用和分配轉入的作業成本，計算各作物的成本（包括作物的總成本和單位面積成本），最後計算出農產品（主產品）的總成本和單位成本。採用此法，可反映各作業的費用支出情況，有利於正確計算成本，便於進行成本分析。但核算手續較繁。
