農業企業專用撥款是國家撥給農業企業具有指定用途的款項。目前，國家對國營農場的專用撥款主要有：小型農田水利支出撥款、政策性社會性支出撥款、歸僑難僑生活困難補助費撥款、科研費撥款、地方病防治費撥款、防汛搶險費撥款、邊境建設事業費撥款以及特大自然災害救濟費撥款等。國家對國營農場專用撥款的管理，實行“定額包乾，結餘留用，超支不補”的辦法。專用撥款應按規定的用途和開支標準，專款專用，節約使用。
小型農田水利支出撥款，主要用於補助國營農場改善農業生產條件，包括場內的小型蓄水池、灌溉、排澇、治鹼、防洪、打井設施，以及造林、草場改良、水土保持等，而且只能用於上述項目的材料費、機械作業費和小型設備購置費、不得用於人工工資、基本建設和其他非生產性開支，政策性社會性支出撥款，只能用於國營農場的中國小經費補貼、安置老殘幹部工資、專職政法人員經費和邊防民兵值勤費等; 其他專用撥款的使用範圍和用途，均應按有關規定執行。國營農業企業對專用撥款的取得及使用，在“專用撥款”帳戶中核算，並按專用撥款項目設定二級帳戶，政策性社會性支出撥款還應按中國小經費補貼。安置老殘幹部工資、專職政法人員經費、邊防民兵值勤費等項目設定明細帳，進行明細分類核算，以便為考核專用撥款的使用情況提供資料。
