農業企業專項應付款是指農業企業收到國家撥入的具有專項用途的款項，包括財政部門和企業主管部門撥入的小型農田水利支出和政策性、社會性支出等撥款。《農業企業財務制度》中的專項應付款相當於原制度中的專用撥款項目|為適應新制度設計體系，取消了專用撥款項目，“小型農田水利”、“政策性、社會性”支出等撥款體現了國家對部分國有農業企業的扶持政策，在今後一個時期內不宜取消。
為此，把國家撥給部分企業有指定用途的資金，列為專項應付款項目。其開支範圍，仍按財政部、原農牧漁業部1987年制定的《關於國營農場事業費管理的幾項規定》執行。在實際支出時，要注意區分用於工程項目和非工程項目。
