由質譜中任何一個質量的離子也可以得到色譜圖，即質量色譜圖。
質量色譜圖（或提取離子色譜圖）
總離子色譜圖是將每個質譜的所有離子加合得到的。同樣，由質譜中任何一個質量的離子也可以得到色譜圖，即質量色譜圖。質量色譜圖是由全掃描質譜中提取一種質量的離子得到的色譜圖，因此，又稱為提取離子色譜圖。假定做質量為m的離子的質量色譜圖，如果某化合物質譜中不存在這種離子，那么該化合物就不會出現色譜峰。一個混合物樣品中可能只有幾個甚至一個化合物出峰。利用這一特點可以識別具有某種特徵的化合物，也可以通過選擇不同質量的離子做質量色譜圖，使正常色譜不能分開的兩個峰實現分離，以便進行定量分析。由於質量色譜圖是採用一種質量的離子作色譜圖。因此，進行定量分析時也要使用同一離子得到的質量色譜圖測定校正因子。
