質量碎片圖譜法是色譜質譜法中,利用數據系統控制質量掃描測定一種或幾種離子的質量色譜圖的分析方法。總離子色譜圖是將每個質譜的所有離子加合得到的。同樣,由質譜中任何一個質量的離子也可以得到色譜圖,即質量色譜圖。質量色譜圖是由全掃描質譜中提取一種質量的離子得到的色譜圖,因此,又稱為提取離子色譜圖。
假定做質量為m的離子的質量色譜圖,如果某化合物質譜中不存在這種離子,那么該化合物就不會出現色譜峰。一個混合物樣品中可能只有幾個甚至一個化合物出峰。利用這一特點可以識別具有某種特徵的化合物,也可以通過選擇不同質量的離子做質量色譜圖,使正常色譜不能分開的兩個峰實現分離,以便進行定量分析。