1999年5月23日，國務院總理朱鎔基簽署了國務院第265號令，頒布《國家科學技術獎勵條例》，決定從2000年起設立國家最高科學技術獎，以國家名義對為科學技術發展作出傑出貢獻的科學家給予最高榮譽的獎勵。首次獲得國家最高科學技術獎這一崇高榮譽的吳文俊、袁隆平兩位院士，是我國科技工作者中的傑出代表。吳文俊院士在代數拓撲學領域的奠基性工作，半個世紀以來對國際數學領域的發展一直產生著廣泛而積極的影響。他運用計算機進行數學定理證明和非線性方程組求解，徹底改變了數學機械化領域的面貌，為資訊時代數學發展開闢了新途徑。袁隆平院士突破經典遺傳理論的禁區，提出水稻雜交新理論，實現了水稻育種的歷史性突破。到2000年我國雜交水稻的優良品種已占全國水稻種植面積的50%，平均增產20%。從推廣種植雜交水稻以來，已累計增產稻穀3500億公斤，產生了巨大的經濟和社會效益。2001年2月19日，中共中央、國務院在北京人民大會堂隆重舉行國家科學技術獎勵大會。江澤民出席大會，向吳文俊、袁隆平頒發2000年度國家最高科學技術獎。朱鎔基代表黨中央、國務院在大會上講話。江澤民等黨和國家領導人還向獲得國家自然科學獎、國家技術發明獎和國家科學技術進步獎的代表頒獎。此後，黨和國家領導人為國家最高科學技術獎獲得者頒獎成為慣例。從2002年至2016年6月，共有23位科學家和科技工作者先後獲此殊榮，分別是：王選、黃昆、金怡濂、劉東生、王永志、葉篤正、吳孟超、李振聲、閔恩澤、吳征鎰、王忠誠、徐光憲、谷超豪、孫家棟、師昌緒、王振義、謝家麟、吳良鏞、鄭哲敏、王小謨、張存浩、程開甲、于敏。
