親和萃取法是指將親和層析同雙水相有機結合, 極大地豐富和發展了雙水相。在親和萃取中, 一種配基與另一種成相聚合物以共價相結合, 由於這種配基與欲提取的目的產品有很強的親和力, 這樣體系不但具有雙水相處理量大的特點, 而且具有親和層析專一性高的優點。能否有效回收和循環利用連線有配基的聚合物是親和萃取能否成功套用的關鍵。
一般來說, 添加磷酸鉀溶液到聚合物-配基相中可以將配體與配基分開, 形成新的雙水相系統。目的產品通常聚集在富鹽相中, 通過兩次過濾就可以回收該產品。通過過濾除去聚合物-配基相中的鹽就可循環利用結合了配基的聚合物。溶劑萃取是用於提取聚合物-配基的另一種方法,用三氯甲烷萃取回收得到了多聚物的親和配基。