1564年，一支由西班牙征服者米格爾·洛佩斯·德萊加斯皮（Miguel López de Legazpi) 帶領的西班牙探險隊從墨西哥出發。這支探險隊在1565年2月13日抵達菲律賓宿務，並在宿務建立了第一個西班牙占據點。萊加斯皮聽聞了當地人有關呂宋島的富饒資源後，他派遣兩名海軍上校：馬丁·德戈伊蒂（Martin de Goiti）和胡安·德薩爾塞多（Juan de Salcedo）到米沙鄢群島以北進行探險。
1570年，西班牙探險隊到達了呂宋島。由於誤解和紛爭，西班牙探險隊和當地的土著為了掌控馬尼拉一帶的土地和村莊而發生了戰爭。經歷了幾個月的戰爭後，西班牙探險隊和當地的酋長於1571年簽訂和平條約。戰敗的土著被迫將馬尼拉的掌控權讓給西班牙。1571年6月24日，雷加斯皮宣布馬尼拉為西班牙東印度群島的新首都。雷加斯皮的成就令當時的西班牙國王腓力二世感到喜悅，也就因此，腓力二世賜予馬尼拉紋章和宣布馬尼拉為“永遠忠貞與高貴之城”（西班牙語： Ciudad Insigne y Siempre Leal)。這也成了馬尼拉的座右銘。
萊加斯皮依據了腓力二世在1573年5月於西班牙聖洛倫索頒布的皇家法令為馬尼拉規劃了新的藍圖。被設計成呈星形要塞，占地64公頃的王城區被2.44米（8尺）厚，6.7米（22尺）高的石牆包圍著。萊加斯皮在王城區興建道路，堡壘，教堂和學校。王城區也被設計成能抵禦土著的反叛和中國海盜的侵擾。王城區與1606年竣工。王城區即時成了西班牙在菲律賓的行政，軍事和宗教中心。菲律賓最古老和最早的大學、教堂和女修道院都坐落於王城區內。其中最著名的天主教學校有聖托馬斯大學（University of Santo Tomas）、馬尼拉雅典耀大學（Ateneo de Manila)和雷特蘭的聖胡安學院（Colegio de San Juan de Letran)；教堂有馬尼拉大教堂和聖奧古斯丁教堂。菲律賓的西班牙總督府也本來設立於王城區內。不過19世紀的一場地震使總督府遷往馬拉卡南宮。
唯有馬來裔-漢人混血兒（mestizo de sangley) 受批因為工作原因而踏步王城區。這些人必須在日落時分回到他們位於王城區外的賓諾多（Binodo）社區的居所。西班牙人實行了非常不公的課稅：白種人被豁繳稅；當地土著（馬來裔）則需要繳基本稅務；漢人混血兒則需繳納兩倍的基本稅務；漢人則需繳納四倍的基本稅務。
1980年代，當時的菲律賓總統夫人伊梅爾達下令修復長年失修的王城區。王城區管理層（Intramuros Administration）也就因此而成立。王城區管理層修葺了大部分的廢墟，然而，由於管理層的內政問題和政府失政，王城區內仍然有好些廢墟被擱置，一些遺址也被新的建築物取代。今天的王城區是馬尼拉境內唯一保存西班牙古蹟的城區。由於馬尼拉蓬勃發展使到許多王城區外的西班牙古蹟被拆除，因此唯有王城區內的西班牙古蹟未受太大的現代化影響。西班牙時期圍繞王城區的護城河早在美國統治時期被填平，已成了高爾夫球場。王城區也有幾所高等學府，其中有馬尼拉城市大學 （菲律賓語：Pamantasan ng Lungsod ng Manila; 英語： University of the City of Manila），馬普亞工藝學院（Mapúa Institute of Technology) ，菲律賓大學文藝團體（Lyceum of the Philippines Univeristy) 和雷特蘭的聖胡安學院。2010年 8月，環球遺產基金（Global Heritage Fund) 發出的《拯救消逝的遺產》（Saving Our Vanishing Heritage）報告把王城區連同銜接的聖地亞哥城堡列為世界12個最“趨漸邊緣化”、正面對無法挽救的損失和破壞的遺產。報告指出罪魁禍首是管理不當和受到發展的威脅。
區內建築物
教堂
●盧爾德教堂（Lourdes Church）- 被 El Almanecer 取代
●馬尼拉大教堂馬尼拉大教堂
●聖奧古斯丁教堂
●聖多明各教堂（San Domingo Church）- 被菲律賓群島銀行取代（Bank of the Philippines Islands）
●聖弗朗西斯科教堂 （San Francisco Church） - 被馬普亞工藝學院取代
●聖伊格納西奧教堂（San Ignacio Church) - 廢墟
●托倫蒂諾的聖尼古拉斯教堂（San Nicolas de Tolentino Church）- 被馬尼拉公報（Manila Bulletin) 取代
●耶穌會女修道院 （Beaterio de la Compañía de Jesús) - 被燈光音響博物館（Light and Sound Museum) 取代。
●聖克拉拉女修道院 （Convento de Santa Clara）- 被擱置
●第三莊嚴教條教堂 （Chapel of Third Vernable Order）- 被馬普亞教堂（Mapúa
王城區入口
二戰時遭徹底毀壞的王城區
馬尼拉大教堂