血栓形成後，從血管壁向血栓長入內皮細胞和纖維母細胞，隨即形成肉芽組織，血小板的血小板生長因子可能起著促使肉芽組織生長的作用。肉芽組織伸入血栓，逐漸加以取代而發生機化。
機化過程早在血栓形成後1～2天即已開始，較大的血栓，在2周左右已可完成機化。機化的血栓和血管壁有牢固的粘著，不再有脫落的危險。血栓機化中的新生內皮細胞，被覆血栓內由於血栓乾涸產生的裂隙，形成迷路狀但可互相溝通的管道，使血栓上下游的血流得以部分地溝通，這種現象稱為再通（recanalization）。
近年發現，血管腔內的單個核細胞也可自血液內通過血栓的游離面侵入血栓內，而且在血栓內部埋藏著的單個核細胞也可活化，上述的細胞都可遊走，被覆於血栓內的裂隙，繼而轉變成血管內皮細胞，形成新生的血管，所以，血栓機化和再通並不完全依賴於血管壁細胞成分的侵入。
