虹吸印跡法是進行毛細管轉移時，DNA片段由液流攜帶從凝膠轉移到固相支持物表面。安放裝置時，在轉移槽中央的平台上由下到上依次疊放變性凝膠、濾膜、一疊乾的吸水紙巾;凝膠與轉移緩衝液通過一紙橋連線;濾膜上的紙巾吸水而產生並維持毛細管作用，液體由於毛細管作用抽吸通過凝膠，並將DNA片段攜帶聚集在濾膜上。
DNA片段的大小和瓊脂的濃度決定了轉移的速度。小片段DNA(<1kb)在1小時內可從 0.7%瓊脂糖凝膠上幾乎定量轉移，而大片段DNA的轉移較慢且效率較低，如大於15kb的 DNA片段需要18小時而轉移尚不完全。
