1940年6月11日,華理柱於美國麻薩諸塞州的勞倫斯(Lawrence)祝聖美籍瑪利諾會士林化東(Raymond Aloysius Lane M.M.)為天主教撫順代牧區主教。
1946年8月7日,華理柱辭去瑪利諾外方傳教會總會長的職務。1948年5月,與天主教紐約總主教區總主教史培爾曼樞機(Francis Joseph Cardinal Spellman)訪問中國,受到教廷駐華公使黎培里總主教的邀請,赴上海出任“天主教中華全國教務協進委員會”秘書長的職務。1948年8月,華理柱邀請原漢陽教區愛爾蘭籍司鐸莫克勒赴天津,組建“聖母祈禱會”(聖母軍);遂即向全國擴展;1949年1月,華理柱根據教廷傳信部的“應變”訓令,與黎培里總主教組織全國大修院向境外撤退;1949年7月13日,華理柱轉發了教宗庇護十二世關於反對共產主義的通諭;並要求全國各教區及時向上海匯報;同時在全國各教區組織“要理小組”等學習組織,進行反共產主義宣傳;龔品梅兼任上海教區主教後,華理柱遂支持龔品梅反對驅逐外籍傳教士、自辦教會等政策,向全國各教區派遣人員,通令各教區嚴守梵蒂岡的相關訓令。中央政府宣布取締“天主教中華全國教務協進委員會”和“聖母軍”後;華理柱居住於上海教區主教公署,通過上海教區龔品梅主教,阻止聖母軍成員向政府登記。