菏澤市環境監測中心站成立於1975年2月，1998年元月升格為副縣級單位，在全國環境監測網路體系中居二級環境監測站，對本區的三級站業務上負有指導作用，是社會公益性科學技術事業性單位。
主要職責是：
1、負責對本區域大氣、水體、土壤、生物、噪聲等各種環境要素的質量狀況，按照統一的要求，進行例行監測、分析、收集、儲存和整理環境監測數據資料，定期向主管部門和上級監測站呈報本區域環境質量狀況和污染動態的技術報告。
2、負責本區域污染源的監視性監測，對各有關單位排放污染物的狀況進行定期或不定期的監視性測定，並建立健全污染源檔案，為加強污染源管理和排污收費提供監測數據。
3、負責制訂本區域的環境監測規劃、計畫，參與制訂地方環境標準。完成主管部門為進行環境管理所需要的各項監測任務。
4、負責本區域的環境質量評價，編報本市環境質量報告書，環境監測周報、月報、季報、年鑑及其它有關的環境質量報告。
5、負責全區環境監測網的技術交流、技術培訓、監測人員業務考核和業務協調。
6、負責建設項目環評工作的現狀評價，參加建設項目驗收、污染源治理項目和科研項目驗收，並提供有關監測數據。
7、參加本區域污染事件的調查，負責環境污染糾紛的技術仲裁。
