聯行對賬是保證聯行往來核算質量的重要措施。為迅速劃撥資金，聯行往來採取由發報行直接寄發報單給收報行的做法。在報單傳遞、處理的過程中，難免會出現錯誤，如錯發報單、遣失報單、未能按正確規定處理有錯誤的報單等。這些錯誤，都會影響聯行往來的賬務平衡。而在聯行往來的日常核算中，又很難發現這些差錯。因此，需要通過對賬、監督、控制聯行往來的賬務，發現和查找核算中出現的問題，保證聯行往來的順利進行。
中國人民銀行電子計算中心是全國聯行往來對賬工作的組織者。各個發報行應將每日發出報單的筆數及金額，分別代收、代付、郵劃、電劃填制往賬報告表，並隨附第二聯聯行報單一起寄報電子計算中心。電子計算中心根據各發報行上報的往賬報告表監督全國各個發報行的聯行往賬，並根據第二聯聯行報單，按照各種收報行編制對賬表，寄發各收報行對賬，憑以監督全國聯行來賬。收報行收到後，以對賬表中所列各筆報單的內容與發報行寄來的第一聯報單逐筆勾對，以保證聯行來賬與聯行往賬的一致。收銀行在對對賬時，應視同對賬表完全正確，如果確屬對賬表中有錯誤，應先通知電子計算中心沖正原對賬表，再按照沖正對賬表更正錯誤。對核對過的報單金額，從 “聯行來賬”科目轉入 “已核對聯行來賬” 科目; 如有未核銷報單款項 (對賬表中列有，而收報行未能與它對賬的報單款項)，應轉入 “未核銷報單款項”，並應積極查詢查找。
