大規劃改組架構後,第一組解散,改為警察總監(Police Commissioner)和律政部(Department of Justice),直接向秘書長特別代表報告,而非向助理特別代表報告。第二組被降級為民政部(Department of Civil Administration),其首長也直接向特別代表報告。
1999年6月10日,在以美國為首的北約長達78天的空襲結束後,科索沃戰爭落下帷幕,北約領導的國際維和部隊(KFOR)分區占領科索沃,隨後根據聯合國1244號決議成立聯合國科索沃臨時行政當局特派團(United Nations Interim Administration Mission In Kosovo,簡稱UNMIK)進駐科索沃,負責當地的行政管理工作。經受了七十多天轟炸後的科索沃一片廢墟,大部分的郵政設施被摧毀,整個地區的郵政體系陷入癱瘓,在聯合國特派團的幫助下,科索沃地區的郵政體系逐步恢復。魯戈瓦郵票
為滿足用郵需求,2000年3月聯合國特派團與科索沃郵電局(Post & Telecommunications of Kosovo,簡稱PTK)合作,以聯合國科索沃臨時行政當局特派團的名義發行了科索沃地區的第一套郵票,用於維和部隊控制區的本地郵件。關於這套郵票的發行日期,科索沃郵電的網站上記載為3月15日。這套郵票以“和平”為主題,由科索沃本地藝術家Shyqri Nimani設計,法國郵政的郵票印刷廠印製,全套共5枚,描繪了科索沃的歷史、文化、名人與版圖,銘記為英文、阿爾巴尼亞文和塞爾維亞文的聯合國科索沃臨時行政當局特派團,並用這三種文字標註上了“和平”的字樣,表現出科索沃人民對和平的期望。值得注意的是這套郵票的面值是以德國馬克作為貨幣單位的,而非當時仍為南聯盟一部分的塞爾維亞共和國的貨幣——第納爾,這是因為當地阿爾巴尼亞族控制區與塞爾維亞的經濟聯繫幾乎完全斷絕,而主要依靠的是來自以德國為主的歐盟援助來維持當地經濟的運行。這套被認為是侵犯了塞爾維亞主權與領土完整的郵票一經問世即遭到了南聯盟及塞爾維亞政府的強烈反對,科索沃北部的米特羅維察等塞爾維亞族控制區的居民們更是拒絕使用這套郵票而繼續使用南聯盟的郵票。郵票發行的最初兩個月,它們僅僅被用於本地郵政服務,直至5月中旬,科索沃地區寄往國外的郵件上才開始使用這套郵票。
科索沃的郵票雖然在銘記上有“聯合國”的字樣,但是它與聯合國郵票是有區別的,聯合國郵票是由聯合國郵政管理局發行的,僅在聯合國紐約總部及聯合國駐日內瓦、維也納辦事處發售並使用。而科索沃郵票並不是由聯合國郵政管理局發行的,而是由聯合國特派團在其任務區與當地郵政機構合作以特派團名義發行的,用於民間通郵的郵票,其發行與管理主要是由PTK負責的。除了第一套郵票在聯合國三總部的郵政機構可以買到外,其餘的所有郵票聯合國郵政管理局均不出售。同樣的情況也發生在東帝汶,同年的4月29日,負責籌備東帝汶獨立事宜的聯合國東帝汶過渡行政當局(United Nations Transitional Authority in East Timor,簡稱UNTAET)也發行了一套兩枚帶有UNTAET銘記的無面值郵票用於東帝汶民間的本地和國際郵件。順便提一下,北約國際維和部隊的軍郵並不使用聯合國特派團發行的郵票,而是各國部隊分別使用各自國家的郵票寄遞軍郵。
在印刷方面,科索沃地區的郵票無一例外均是採用四色平版印刷。2000年到2005年的郵票除了2003年發行的“十二月的節日”是由一家克羅地亞的印刷廠印刷外,其餘的郵票均是由法國的卡特爾保密印刷公司(Cartor Security Printing)或法國郵政的郵票印刷廠(ITVF)承印的。2006年全年的郵票由位於波赫塞拉耶佛的CENTAR ZA PROIZVODNJU I USLUGE(CPU)印刷廠印製。而從2007年起,科索沃地區的郵票再一次改由一家科索沃本地的印刷公司—Adana Rezniqi Co.負責印製。由法國和波赫印製的郵票印刷質量較高,畫面與字跡都比較清楚,而由Adana Rezniqi Co.印製的郵票較為粗糙,印刷網點較大,在有些顏色較深的郵票上甚至連銘記都難以看清。2000年至2005年的所有郵票尺寸均為30mm×40mm,2006年所有郵票的票幅變為28mm×42mm,到2007年票幅變為27mm×35mm。